The Journal of Biomedical Informatics odráží závazek k vysoce kvalitním původním výzkumným článkům, recenzím a komentářům v oblasti metodologie biomedicínské informatiky. Přestože publikujeme články motivované aplikacemi v biomedicínských vědách (například v klinické medicíně, zdravotnictví, populačním zdraví a translační bioinformatice), časopis klade důraz na zprávy o nových metodikách a technikách, které mají obecnou použitelnost a které tvoří základ rozvíjející se vědy biomedicínské informatiky. Články o zdravotnických prostředcích; hodnocení zavedených systémů (včetně klinických zkoušek informačních technologií); nebo články, které poskytují vhled do biologického procesu, konkrétního onemocnění nebo možností léčby, by byly obecně vhodnější pro publikování na jiných místech. Příspěvky o aplikacích zpracování signálů a analýzy obrazů jsou často vhodnější pro časopisy o biomedicínském inženýrství nebo jiné informatické časopisy, i když publikujeme příspěvky, které kladou důraz na správu informací a otázky reprezentace znalostí/modelování, které vznikají při ukládání a používání biologických signálů a obrazů. Popisy systémů jsou vítány, pokud ilustrují a zdůvodňují základní metodiku, která je hlavním předmětem zprávy, a pokud je snaha zabývat se zobecnitelností a/nebo rozsahem použití této metodiky. Upozorňujeme také, že vzhledem k mezinárodní povaze JBI jsou příspěvky, které se zabývají specifickými jazyky jinými než angličtina nebo zdravotnickými systémy či přístupy specifickými pro danou zemi, pro JBI přijatelné pouze tehdy, pokud nabízejí zobecnitelné poznatky, které jsou relevantní pro širokou čtenářskou obec JBI bez ohledu na její zemi, jazyk, kulturu nebo zdravotnický systém.
Jaké příspěvky jsou vhodné pro JBI?
Příspěvky, které reagují na potřebu v medicíně, nikoliv pouze na vhodný soubor dat k analýze pomocí nových metod, který by mohl jít místo toho do technického časopisu.
Obvykle je nutné zapojení zdravotnických pracovníků do motivace práce a hodnocení výsledků.
Podporujeme autory původních výzkumných prací v JBI, aby popisovali práci například takto:
„Měl jsem reálný biomedicínský problém, vyzkoušel jsem stávající techniky, ale nefungovaly. Vyvinul jsem tedy novou metodiku, vyhodnotil její vhodnost a porovnal ji se současným stavem techniky v mé reálné oblasti. To mě přimělo přemýšlet, jaké další problémy by tato nová metoda mohla pomoci vyřešit. S tím jsem souvisel v Diskusi a ukázal, že mám novou obecnou metodiku, která není specifická pro úzkou aplikační oblast.“
„Ačkoli jsem použil existující ML-metody, vytvořil jsem a ověřil „metodu metod“, která vysvětluje, jak aplikovat existující metody na prostor biomedicínských problémů, které mají společné jedinečné vlastnosti, jež ovlivňují výběr metod.“
Co je biomedicínská informatika?“
„Biomedicínská informatika je interdisciplinární obor, který studuje a usiluje o efektivní využití biomedicínských dat, informací a znalostí pro vědecké zkoumání, řešení problémů a rozhodování, motivované snahou o zlepšení lidského zdraví.“
C A Kulikowski a kol, Bílá kniha rady AMIA: Definice biomedicínské informatiky a specifikace klíčových kompetencí pro postgraduální vzdělávání v oboru, Journal of the American Medical Informatics Association, roč. 19, č. 6, s. 931-938, listopad 2012.
Jaké oblasti biomedicínské informatiky jsou mimo rozsah JBI?
Příspěvky o zpracování signálů, zobrazování, lékařských přístrojích, komunikačních sítích, bezpečnosti jsou obvykle mimo rozsah JBI; i příspěvky o bioinformatice/modelování nemocí mohou být mimo rozsah. Aby mohly být všechny takové práce zařazeny do JBI, musí představovat nové informatické metody, které vycházejí z hlubokého pochopení a využití znalostí z lékařské oblasti a měly by být převeditelné do lékařských aplikací. Příkladem prací, které nebudou zařazeny, jsou práce, které předpovídají strukturu sekvencí DNA (nejsou translační), nebo práce o modelování přenosu nemocí, které neprokazují pochopení a využití epidemiologie infekčních nemocí nebo které nejsou použitelné v praxi.
Metody, na které se zaměřují příspěvky JBI, mohou pocházet z kterékoli z řady vědních složek v oblasti biomedicínské informatiky. Ačkoli metody často souvisejí s oborem informatiky, mnoho článků JBI bude klást důraz na inovativní techniky z jiných oborů, jako je věda o rozhodování, statistika, kognitivní věda, psychologie, informační věda, teorie organizace nebo věda o řízení.
Pokud uvažujete o zaslání svého bioinformatického článku do JBI, mějte prosím na paměti toto metodologické zaměření. Biologické objevy založené na použití rutinních informatických technik mohou být významným biologickým příspěvkem, ale nejsou vhodné pro JBI. Dále upozorňujeme, že JBI publikuje bioinformatické články pouze v případě, že se zabývají otázkami translační (humánní) vědy. Před zasláním příspěvku se podívejte na editorial Translational Bioinformatics, který se tímto tématem zabývá.
Příspěvky týkající se soukromí nebo bezpečnosti v biomedicíně musí také nabízet nové a praktické metodiky, které jsou jasně motivovány problémy zdravotnictví a biomedicíny. Zavedená metoda z jiného oboru neopravňuje k opětovné publikaci v JBI jen proto, že byla použita na biomedicínský problém. Hledáme také práce, které popisují zásadní metodologické novinky, nikoliv malá postupná vylepšení dříve publikovaných technik. Podrobnější informace o našich zásadách pro přijatelné články v této oblasti naleznete v redakčním článku Soukromí a bezpečnost.
Příspěvky jsou obecně sedmi typů:
1. Běžné výzkumné články: Představení a diskuse o biomedicínsky nebo klinicky motivovaném systému nebo přístupu, který vyžadoval spíše vývoj inovativních metod než použití zavedených technik. Mohou být diskutovány motivující aplikace, ale nová metoda by měla být diskutována tak, aby byla jasná její zobecnitelnost, ideálně s posouzením rozsahu její použitelnosti. Při odesílání zvolte prosím typ článku „Research Paper“.
2. Metodologické přehledové články: Přehledy metodického přístupu, které shrnují jeho zavedení, použití, úspěchy a omezení. Tyto recenze také často navrhují budoucí směry výzkumu nebo kritizují metodu a diskutují o rozsahu problémů, pro které nemusí být vhodným řešením. Všimněte si, že takové recenze by se měly zaměřit na metodu nebo přístup, nikoli na konkrétní aplikační oblast (např. se vyhněte předkládání recenzí typu „Počítače v managementu diabetu“). Při odesílání zvolte typ článku „Review article“ (přehledový článek).
3. Komentáře: Jedná se o články, zpravidla kratší než výzkumné články, které zpravidla diskutují dříve publikované články nebo téma, které je důležitou oblastí pro metodologické základy výzkumu biomedicínské informatiky a její aplikace. Komentáře jsou často vyžádané, ale po projednání s redakcí je může zaslat kdokoli. Pokud zvažujete předložení komentáře, zašlete prosím předem stručný návrh na adresu [email protected]. Pokud bylo vaše předložení komentáře vyžádáno nebo schváleno redakcí, zvolte prosím během procesu předkládání článku typ článku „Diskuse“ a v průvodním dopise uveďte, že váš rukopis je určen jako komentář.
4. Zvláštní sdělení: Jedná se o články, které se zabývají problematikou širokého zájmu metodologicky orientované informatické výzkumné komunity. Mohou informovat o výsledcích seminářů nebo výzkumných studií a obecně nabízet poučení nebo návod, který bude užitečný pro ostatní. Tyto články nemusí informovat o nových inovativních metodikách v oblasti informatiky. Pokud zvažujete předložení zvláštního sdělení, zašlete prosím předem stručný návrh na adresu [email protected]. Pokud bylo předložení zvláštního sdělení redakcí schváleno, zvolte prosím během procesu předkládání článku typ článku „Diskuse“ a v průvodním dopise uveďte, že váš rukopis je určen jako zvláštní sdělení.
5. V případě, že je váš rukopis určen jako zvláštní sdělení, zvolte prosím typ článku „Diskuse“ a v průvodním dopise uveďte, že váš rukopis je určen jako zvláštní sdělení. Dopisy redakci: Dopisy mohou být zasílány a budou zváženy pro případné zveřejnění v časopise. Obvykle komentují dříve publikovaný článek. Při odesílání zvolte typ článku „Korespondence“.
6. Recenze knih: Redakce občas identifikuje novou knihu, která by mohla být zajímavá pro čtenáře JBI. Vyzvou jednotlivce, aby napsali recenze těchto svazků, a takové příspěvky jsou pouze na pozvání. Nevyžádané recenze knih nebudou brány v úvahu. Při zasílání příspěvků zvolte prosím typ článku „Book review“.
7. Editorialy: Redakce nebo jí přizvané osoby příležitostně publikují úvodníky, ale nevyžádané úvodníky nebudou brány v úvahu. Během procesu zasílání zvolte typ článku „Editorial“.
Pokud autor zasílá rukopis v reakci na výzvu k zasílání příspěvků do speciálního tematického čísla, měl by být v kategorii příspěvku uveden název speciálního čísla, ale v průvodním dopise by mělo být uvedeno, zda se jedná o metodologický přehled, běžný článek nebo komentář.
Další informace pro kontrolu před zasláním příspěvku
Časopis Journal of Biomedical Informatics (JBI), který poprvé vyšel v nakladatelství Academic Press v roce 1968 pod názvem Computers and Biomedical Research (CBR), byl počínaje 34. svazkem v roce 2001 přepracován a přejmenován. V návaznosti na silnou 33letou historii od premiéry CBR v roce 1968 jsme provedli řadu změn, abychom časopis aktualizovali a přeorientovali s ohledem na vývoj oboru a zároveň se snažili zaplnit mezeru, kterou ostatní časopisy publikující články z oblasti biomedicínského výzkumu v informatice jednoznačně neoznačují jako hlavní. Tento cíl jsme v úvodním editorialu formulovali takto:
„Je stále obtížnější publikovat články, které budou mít široký ohlas u různorodých čtenářů. Rozhodli jsme se proto, že je důležité zavést v následujících letech užší zaměření časopisu, a právě s ohledem na to jsme časopis přejmenovali, aby odrážel modernější a užší zaměření. Journal of Biomedical Informatics (JBI) má spíše doplňovat než konkurovat ostatním významným časopisům v oblasti biomedicínské informatiky. Zejména chceme klást důraz na články, které objasňují metodiky, jež se zobecňují napříč biomedicínskými oblastmi a které pomáhají vytvářet vědecký základ oboru. Příspěvky se budou týkat spíše informačních technologií než lékařských přístrojů a spíše základních metod než popisů systémů nebo souhrnných hodnocení. Měli byste očekávat, že tento časopis bude vynikajícím zdrojem nových nápadů, jak řešit obtížné problémy, které vznikají při vývoji počítačových řešení problémů v biomedicínských vědách a klinické praxi.“
Za téměř dvě desetiletí vydávání pod hlavičkou JBI nás těší úspěch časopisu. Má pověst excelentního a přísného časopisu a doufáme, že naši čtenáři a publikující autoři jsou podobně ohromeni kvalitou prací i textů, které jsme na tyto stránky přilákali.
JBI se snaží publikovat články, které jsou koncepčním přínosem pro obor, typicky popisem inovace metodiky nebo techniky nebo pojednáním o podstatných zobecnitelných poznatcích, které byly získány v rámci zajímavého informatického projektu. Pokud má příspěvek teoretický základ, je vhodné klást důraz i na tuto teorii. Podle našich zkušeností mnoho výzkumných projektů, které začínají jako aplikační úsilí, vyústí v metodologickou inovaci, která, řádně popsána, přispívá k vědeckému základu naší disciplíny. Proto neodrazujeme od příspěvků, které pojednávají o zajímavých aplikacích, ale spíše podporujeme pohled na to, jak nejlépe psát a sdílet zobecnitelné metodologické poznatky, které vycházejí z aplikované práce a z nichž mohou těžit ostatní. Jsme přesvědčeni, že takové příspěvky tvoří jádro biomedicínské informatiky jako vědy.
Vyskytlo se pět hlavních důvodů pro vrácení příspěvků bez recenzního řízení. Asi nejčastěji se vyskytuje, když je článek především popisem informatické aplikace nebo jejího hodnocení. Nový klinický systém, který řeší důležitý klinický problém, ale který nenabízí novou metodiku, by byl vhodnější pro jiný časopis, buď v oblasti aplikované informatiky, nebo v oblasti klinické aplikace. Podobně průzkumné/dotazníkové studie nebo analýzy potřeb uživatelů budou pravděpodobně vhodné pro JBI pouze tehdy, pokud přispějí novými metodami provádění takových studií nebo analýz nebo novými poznatky o chování uživatelů, kognitivní vědě nebo interakci člověka s počítačem.
Druhý důvod pro vrácení článků bez recenzního řízení nastává, pokud se článek nezabývá základními informatickými pojmy řízení informací a znalostí. Nejčastěji k tomu dochází, když článek představuje nový lékařský přístroj nebo přístup ke zpracování biomedicínských signálů nebo obrazů, zejména pokud je kladen důraz na numerické metody nebo fyziologické monitorování spíše než na zpracování a správu informací nebo přístupy založené na znalostech. Takové články obvykle odkazujeme do časopisů o biomedicínském inženýrství nebo do klinických časopisů v oblasti použití (např, kardiologický časopis pro nové přístupy k analýze elektrokardiogramu nebo zobrazovací časopis pro nový matematický přístup k segmentaci nebo jiným aspektům analýzy obrazu).
Zatřetí, protože obor biomedicínské informatiky je motivován napříč všemi aplikacemi, aby měl pozitivní dopad na lidské zdraví nebo léčbu lidských onemocnění, měly by bioinformatické práce zaslané do JBI spadat do oblasti translační bioinformatiky (TBI). Práce běžně odmítáme bez recenzního řízení, pokud se zabývají základními bioinformatickými řešeními, která jsou široce použitelná (např. analytické metody pro microarrays), ale nejsou specificky motivována lidským zdravím nebo nemocemi. V souladu s tím nepublikujeme práce, které se zabývají bioinformatikou rostlin nebo zvířat nebo genomickými metodami specificky určenými pro použití v zemědělství nebo zoologii.
Za čtvrté, pomocí podpůrného softwaru posuzujeme každý příspěvek do JBI a hledáme, zda existuje důkaz o významném opakovaném použití textu z jiných publikovaných článků. V některých případech nejsou předchozí publikace v novém článku ani citovány. Bez ohledu na to, zda jsou autoři rukopisu zároveň autory článku, z něhož byl text znovu použit, obecně odmítáme recenzovat články, které se významně překrývají s jinými publikacemi. Takové postupy nejenže vedou k obavám z plagiátorství (nebo autoplagiátorství), ale vyvolávají také pochybnosti o novosti práce prezentované v novém rukopise. Očekáváme, že všechny práce budou napsány de novo, a žádáme, aby z rukopisů (a průvodního dopisu) bylo zřejmé, jak nová práce navazuje na předchozí publikované práce, jak je rozšiřuje nebo překonává.
Nakonec, ačkoli je JBI mezinárodní časopis a chápeme problémy, s nimiž se autoři potýkají, pokud angličtina není jejich rodným jazykem, některé práce mají tak závažné problémy s jejich anglickou expozicí, že je odmítáme nebo vracíme k přepracování a navrhujeme zapojení editora nebo spoluautora, který je odborníkem na angličtinu, než bude možné práci posoudit jako vhodnou pro vstup do vědeckého recenzního řízení. Drobné jazykové problémy lze opravit v redakčním procesu, ale závažnější problémy brání adekvátnímu posouzení vědeckého přínosu.
Z příspěvků, které prošly recenzním řízením, je nyní naše konečná míra přijetí přibližně 25 %. Každý publikovaný článek byl přijat až po významných revizích, takže autoři by neměli být překvapeni, když jsou nutné revize, než je článek připraven k publikaci. Věříme však, že přísnost, kterou jsme zavedli do procesu recenzování a revizí, vedla ke kvalitnějšímu a vědecky užitečnějšímu produktu. Například neoficiální zpětná vazba, stejně jako údaje o citovanosti a stahování, naznačují, že metodologické přehledy obsažené téměř v každém čísle byly široce využívány pro vzdělávací a studijní účely.
V každém roce od přechodu z CBR na JBI jsme obdrželi rostoucí počet zaslaných článků. V prvním roce jsme obdrželi asi 100 rukopisů, ale nyní dostáváme mnohem více než 800 příspěvků ročně. V důsledku toho se časopis rozrostl a na jedno číslo připadá více příspěvků. Dvě až tři čísla ročně také věnujeme speciálním metodologickým tématům pod dohledem hostujících editorů, kteří nám taková speciální čísla navrhují. Přijaté příspěvky jsou okamžitě zpřístupněny online a jsou indexovány v Medline. Brzy poté se objeví v sestaveném „virtuálním“ čísle na ScienceDirect. Od roku 2016 jsme přestali vydávat tištěnou verzi časopisu JBI, protože jsme zjistili, že naprostá převaha přístupů k časopisu probíhá přes internet a ScienceDirect. Tištěné verze celých čísel jsou k dispozici u společnosti Elsevier prostřednictvím služby Print on Demand. Příspěvky mohou být publikovány v režimu otevřeného přístupu za poplatek zaplacený autory, ale jinak jsou po dobu prvních 12 měsíců po vydání k dispozici pouze předplatitelům. Poté jsou zpřístupněny zdarma v našem otevřeném archivu ScienceDirect. Vzhledem k tomu, že časopis vychází pouze online, není omezeno ani zpoplatněno použití barevných obrázků nebo fotografií v zaslaných rukopisech.
Vyzýváme vás, abyste do JBI zasílali své nejlepší metodické práce. Mějte na paměti, že poskytujeme příležitost k hloubkové diskusi o inovativním přístupu, který posuzují naši recenzenti i redaktoři, a vyhnuli jsme se jakémukoli svévolnému omezení počtu slov nebo jiným měřítkům týkajícím se délky jednotlivých článků. Podporujeme také příspěvky popisující doktorskou disertační práci a zdůrazňujeme, že rozsáhlé tematické přehledy provedené v dokumentu disertační práce lze často upravit tak, aby vznikl metodologický přehledový článek, který je vhodný pro JBI. Časopis také nemá žádné poplatky za stránku a může obsahovat multimediální komponenty pro články v online prostředí.
Biomedicínská informatika je rozvíjející se obor s důležitými aplikacemi a důsledky v celém biomedicínském a klinickém světě. Toužíme po tom, aby výzkumná komunita důsledně identifikovala JBI jako časopis, který nejlépe definuje vědeckou základnu oboru. V souladu s tím zveme jak vaše příspěvky, tak vaše čtenáře.
Mor Peleg
Šéfredaktor
Skrýt celý text Cíle & Rozsah působnosti