Nejstarší známé formy izolace jsou zmíněny v Pentateuchu (Bibli) před více než 3400 lety, zejména v případě lepry. Hippokrates a Galén v 5. století př. n. l. radili „Cito, Longe, Tarde“, což znamená „jdi rychle, odejdi daleko a vrať se pozdě“.
Od 13. a 14. století se rozšířily formy izolace. Infikované osoby byly oddělovány, aby se zabránilo šíření nemocí mezi starověkými Izraelity podle Mojžíšova zákona, jak je stanoveno ve Starém zákoně.
Benátky se ujaly vedení v hygienických opatřeních proti šíření moru a v prvních letech černé smrti (1348) jmenovaly tři veřejné zdravotníky. Slovo „karanténa“ pochází z italského výrazu quaranta giorni, což znamená „čtyřicet dní“. Jeho použití na lodích určilo jeho název, ačkoli se nezakládá na vědeckém důvodu. U většiny nemocí je inkubační doba kratší než čtyřicet dní s několika málo výjimkami, jako je infekční mononukleóza nebo Kuru.
V současné době byla obava z nákazy při návratu z Měsíce (meziplanetární nákaza) hlavním důvodem karanténních postupů přijatých pro první program misí programu Apollo. Astronauti a měsíční vzorky byli umístěni do karantény v Lunární přijímací laboratoři. Stejně tak pro vzorky z budoucí návratové mise na Mars existuje karanténní protokol pro všechny vzorky z Marsu, který by se prováděl v laboratoři 4. stupně biologické bezpečnosti známé jako Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).