V roce 1831 přijel otec Patrick O’Kelly sloužit irským osadníkům v oblasti Washtenaw. První mše v Ann Arboru byla sloužena v soukromém domě 12. července 1835 a téhož roku začaly snahy o postavení stálého kostela. Jeho nástupce, otec Thomas Cullen, zakoupil v roce 1842 pozemek na East Kingsley Street poblíž Division Street a na tomto pozemku byl postaven první kostel – první zděný kostel v Ann Arboru. Vysvěcen byl až v roce 1845, protože biskup Lefevre nevysvěcoval kostely, dokud nebyly bez dluhů.
Kostelní hřbitov na North Main Street byl zakoupen v roce 1843, ale vysvěcen byl až v roce 1878. V roce 1868 farnost získala bývalou veřejnou školu na konci ulice a otevřela zde farní školu, školu svatého Tomáše Apoštola, která v roce 2018 oslavila své sedmisté výročí.
Pr. Edward D. Kelly se stal farářem v roce 1891 a zjistil, že stávající kostel neodpovídá potřebám farnosti. V roce 1896 začal shromažďovat finanční prostředky na stavbu současného kostela, který byl vysvěcen v roce 1899 a dokončen v roce 1905. V roce 1902 byla dokončena žlutá cihlová fara a v roce 1911 klášter pro sestry Neposkvrněného srdce Panny Marie na Elizabeth Street. V průběhu let farnost sponzorovala první nemocnici v Ann Arbor a také dvě další katolické farnosti.
V roce 1977 se 9. až 12. třída oddělila od školy svatého Tomáše apoštola a stala se katolickou střední školou otce Gabriela Richarda, samostatnou institucí. která se v roce 2003 přestěhovala do nového areálu.