Dvouletá přestavba kina Babylon začala v roce 1999. Stála deset milionů marek a byla financována především německou vládou. Na sedačky a technické vybavení byly poskytnuty loterijní rozvojové prostředky ve výši dvou milionů eur. Zrekonstruována byla střecha a strop velkého hlediště. Dřevěné trámy ve stropě, které již neunesly váhu, byly nahrazeny ocelovými nosníky a nad nimi byla postavena nová střecha. Obnoveno bylo také průčelí budovy.
Cílem obnovy nebylo vrátit budově její podobu v určitém časovém okamžiku, ale zachovat různé prvky z celé historie budovy. Foyer bylo vráceno do podoby, jakou mělo v době otevření budovy v roce 1928, a hlediště bylo zrekonstruováno do stylu z roku 1948 s plyšovými sedadly a štukovými a zlacenými detaily. Budova původně sloužila jako kino i divadlo, a proto měla za plátnem zadní jeviště. Právě zde bylo v rámci rekonstrukce vybudováno nové menší hlediště. Orchestřiště velkého sálu bylo obnoveno, aby zde mohl během promítání němých filmů hrát živou hudbu komorní orchestr. V roce 1999 byly restaurovány 70 let staré varhany kina J. D. Philipps. Jsou to jediné filmové varhany v Německu, na které se stále hraje na původním místě.
V květnu 2001 se konalo znovuotevření sálu s filmem Othello režiséra Orsona Wellese. V roce 2002 získalo sdružení „Berlínský filmový art Babylon“ od Německé nadace na ochranu památek ocenění „Stříbrná polokoule“. Architekti Joachim Roemer a Klaus Meyer-Rogge byli oceněni za záchranu „klíčové budovy filmové architektury“.
Babylon je místem konání Mezinárodního filmového festivalu v Berlíně (Berlinale). Zrestaurované varhany kina byly znovu uvedeny do provozu 26. května 2001 při promítání filmu Golem: Jak přišel na svět. Následovala série koncertů němého filmu s klavíristou Stephanem von Bothmerem.
V roce 2009 se někteří zaměstnanci, kteří byli členy anarchosyndikalistického Svobodného svazu dělníků (FAU), domáhali vyšších mezd a lepších pracovních podmínek. Koncem července 2009 vyzvala berlínská sekce FAU k bojkotu kina. Od 1. ledna 2010 podepsala odborová organizace Ver.di se zaměstnanci kolektivní smlouvu. V roce 2009 vyvolal provozovatel kina soudní spor s FAU ohledně jejího práva označit se za odborovou organizaci. V říjnu 2009 pracovní soud v Berlíně-Braniborsku rozhodl, že FAU má právo vyjednávat o mzdovém vyrovnání. Dočasný soudní příkaz, který vydal berlínský vrchní soud v prosinci 2009, zakázal FAU Berlín označovat se za odborovou organizaci až do odvolání. Toto rozhodnutí bylo zrušeno Nejvyšším soudem v červnu 2010.
.