Kladogeneze je evoluční rozdělení rodičovského druhu na dva odlišné druhy, které tvoří klad.
K této události obvykle dochází, když se několik organismů ocitne v nových, často vzdálených oblastech nebo když změny prostředí způsobí několikeré vymření, což otevře ekologické niky pro přeživší a způsobí úzká hrdla populací a efekt zakladatele měnící frekvence alel divergujících populací ve srovnání s jejich předky. Události, které způsobily, že se tyto druhy od sebe původně oddělily na vzdálených územích, mohou díky následnému přírodnímu výběru, mutacím a genetickému driftu stále umožňovat oběma druhům stejné šance na přežití, rozmnožování a dokonce i vývoj, aby lépe vyhovovaly svému prostředí, a přitom se stále jedná o dva odlišné druhy.
Kladogeneze je na rozdíl od anageneze, při níž se u původního druhu postupně hromadí změny a nakonec, když se jich nahromadí dostatek, je druh dostatečně odlišný a dostatečně odlišný od své původní výchozí formy, aby mohl být označen jako nová forma – nový druh. Všimněte si, že při anagenezi se linie ve fylogenetickém stromu nerozděluje.
K určení, zda se jedná o událost speciace kladogenezí nebo anagenezí, mohou vědci použít simulaci, důkazy ze zkamenělin, molekulární důkazy z DNA různých žijících druhů nebo modelování. Diskutuje se však o tom, zda je v evoluční teorii vůbec nutné rozlišovat mezi kladogenezí a anagenezí
.