Tradičně se klatrátové sloučeniny vztahují na polymerní hostitele obsahující molekulární hosty. V poslední době se tento termín vztahuje na mnoho molekulárních hostitelů, včetně kalixarenů a cyklodextrinů a dokonce i některých anorganických polymerů, jako jsou zeolity. V roce 2008 byl z Japonska popsán přírodní křemičitý klatrátový minerál chibait.
Mnoho klatrátů je odvozeno od organických vodíkově vázaných rámců. Tyto rámce se připravují z molekul, které se „samoasociují“ pomocí vícenásobných interakcí vodíkových vazeb. Nejznámějšími klatráty jsou metanové klatráty, kde se na vodíkově vázaném rámci podílí voda a hostujícími molekulami jsou metan. Velké množství metanu přirozeně zmrzlého v této formě existuje jak v permafrostových formacích, tak pod mořským dnem. Další vodíkově vázané sítě jsou odvozeny od hydrochinonu, močoviny a thiomočoviny. Hodně studovanou hostitelskou molekulou je Dianinova sloučenina.
Hofmannovy sloučeniny jsou koordinační polymery se vzorcem Ni(CN)4-Ni(NH3)2 . Tyto materiály krystalizují s malými aromatickými hosty (benzen, některé xyleny) a tato selektivita byla komerčně využívána pro separaci těchto uhlovodíků. Kovové organické rámce (MOF) tvoří klatráty.
Fotolyticky citlivé klecové sloučeniny byly zkoumány jako zásobníky pro uvolňování léčiva nebo činidla.
.