Tato skupina metalopeptidáz tvoří peptidázovou rodinu MEROPS M9, podrodiny M9A a M9B (mikrobiální kolagenáza, rod MA(E)). Proteinové složení peptidázové domény u členů této rodiny se podobá složení termolysinu, příkladu typu pro klan MA, a předpokládané zbytky aktivního místa se u členů této rodiny a termolysinu vyskytují v motivu HEXXH.
Mikrobiální kolagenázy byly identifikovány z bakterií rodů Vibrio i Clostridium. Kolagenáza se používá při bakteriálním útoku k degradaci kolagenové bariéry hostitele během invaze. Bakterie Vibrio se někdy používají v nemocnicích k odstraňování odumřelé tkáně z popálenin a vředů. Clostridium histolyticum je patogen způsobující plynovou gangrénu, nicméně izolovaná kolagenáza se používá k léčbě proleženin. Ke štěpení kolagenu dochází na vazbě Xaa+Got u bakterií rodu Vibrio a na vazbě Yaa+Gly u kolagenáz rodu Clostridium.
Analýza primární struktury produktu genu z Clostridium perfringens odhalila, že enzym je produkován s úsekem 86 zbytků, které obsahují předpokládanou signální sekvenci. V tomto úseku se nachází PLGP, aminokyselinová sekvence typická pro substráty kolagenázy. Tato sekvence se tak může podílet na vlastním zpracování kolagenázy.
Metaloproteázy jsou nejrozmanitější ze sedmi hlavních typů proteáz, přičemž dosud bylo identifikováno více než 50 rodin. V těchto enzymech aktivuje molekulu vody dvojmocný kationt, obvykle zinek. Iont kovu je držen na místě ligandy aminokyselin, obvykle třemi. Známé kovové ligandy jsou His, Glu, Asp nebo Lys a pro katalýzu je nutný nejméně jeden další zbytek, který může hrát elektrofilní roli. Ze známých metaloproteáz jich přibližně polovina obsahuje motiv HEXXH, u kterého bylo v krystalografických studiích prokázáno, že tvoří část vazebného místa pro kov. Motiv HEXXH je poměrně běžný, ale pro metaloproteázy jej lze přísněji definovat jako „abXHEbbHbc“, kde „a“ je nejčastěji valin nebo treonin a tvoří část podstavce S1′ u termolyzinu a neprilysinu, „b“ je nenabitý zbytek a „c“ je hydrofobní zbytek. Prolin se v tomto místě nikdy nevyskytuje, pravděpodobně proto, že by narušil šroubovicovou strukturu, kterou tento motiv v metaloproteázách zaujímá
.