Zejména v době válek a jiných nepokojů žily relativně malé skupiny lidí dočasně v jeskyních, kde se ukrývali nebo jinak hledali útočiště. Jeskyně také využívali k tajným a jiným zvláštním účelům, zatímco žili jinde.
Snad na útěku před násilím starých Římanů zanechali lidé svitky od Mrtvého moře v jedenácti jeskyních poblíž Kumránu, v oblasti, kterou dnes na západním břehu Jordánu spravuje izraelský Národní park Kumrán. Dokumenty zde zůstaly neporušené přibližně 2 000 let, až do jejich objevení ve 40. a 50. letech 20. století.
DeSotovy jeskyně na území dnešní Alabamy ve Spojených státech byly pohřebištěm místních kmenů; tytéž jeskyně se ve 20. letech 20. století staly místem násilných spekulací. Jeskyně v Saint Louis mohly být úkrytem na podzemní dráze.
Od roku 1000 do roku 1300 žili někteří lidé z kmene Pueblo ve vesnicích, které si vybudovali pod útesy na území dnešních jihozápadních Spojených států.
Alice Morse Earleová ve své knize Home Life in Colonial Days píše o tom, že někteří z prvních evropských osadníků v Nové Anglii, New Yorku a Pensylvánii žili v jeskynních obydlích, známých také jako „kouřové domy“:
V Pensylvánii sloužily jeskyně nově příchozím jako obydlí po dlouhou dobu, určitě půl století. Obvykle vznikaly vykopáním do země v hloubce asi čtyř stop na březích nebo nízkých útesech poblíž břehu řeky. Stěny pak byly postaveny z drnů nebo hlíny položené na kůlech nebo roští; tak byla pod zemí skutečně jen polovina komory. Pokud se kopalo do bočního kopce, tvořila hlína nejméně dvě stěny. Střechy tvořily vrstvy větví stromů pokryté drny nebo kůrou, případně rákosím a kůrou. Komíny byly vyzděny z dlažebních kostek nebo dřevěných tyčí zatlučených hlínou a trávou. Osadníci byli vděční i za tyto chudé přístřešky a prohlašovali, že jsou pro ně pohodlné. V roce 1685 žilo v jeskyních v Pensylvánii ještě mnoho rodin, protože guvernérská rada tehdy nařídila jeskyně zničit a zasypat.
V 70. letech 20. století několik příslušníků kmene Tasadayů zřejmě obývalo jeskyně poblíž Cotabata na Filipínách.
Jaskyně v Sacromonte nedaleko Granady ve Španělsku jsou domovem asi 3 000 Gitánů, jejichž obydlí se pohybují od jednolůžkových až po jeskyně s téměř 200 místnostmi, spolu s kostely, školami a obchody v jeskyních.
Některé rodiny si v jeskyních postavily moderní domy (nebo renovovaly starší), jako například v Missouri; v Materě v Itálii a ve Španělsku.
Nejméně 30 000 000 lidí v Číně žije v jeskynních domech, kterým se říká yaodongy; protože jsou v zimě teplé a v létě chladné, jsou pro některé lidi jeskyně žádanější než betonové domy ve městě.
V australských hornických městech Coober Pedy a Lightning Ridge si mnoho rodin vytesalo obydlí v podzemních opálových dolech, aby unikly spalujícímu pouštnímu horku.
V údolí Loiry jsou opuštěné jeskyně soukromě rekonstruovány jako cenově dostupné bydlení.
V Británii byly skalní domy v Kinver Edge obydleny až do poloviny 20. století.
Do poloviny 20. století byly obydleny i jeskyně ve skalách.