Abstract
V roce 1992 jsme uvedli novou metodu sekvenování proteinů od karboxy-konce (C-konec) (Boyd et al., 1992). V posledních dvou letech jsme pokračovali ve výzkumu, včetně mechanismu počáteční aktivace C-terminální karboxylové skupiny a záměrných modifikací reaktivních postranních řetězců aminokyselin pomocí sekvenačních činidel. Výběrem činidel a reakčních podmínek používaných pro náš sekvenační protokol se derivatizují kyselina asparagová, kyselina glutamová, serin a treonin. Amidace kyseliny asparagové a glutamové a acetylace serinu a threoninu vedly ke zlepšení výtěžnosti při sekvenování těchto zbytků. Kyselina asparagová a glutamová jsou nyní zařazeny, jak je vidět v tabulce 1, mezi aminokyselinové zbytky, které lze snadno sekvenovat. Naším kritériem pro určení, zda je zbytek spolehlivě nazván, je schopnost sekvenovat a detekovat tento zbytek, pokud je přítomen v jednom nanomole vzorku proteinu. V průměru je možné sekvenovat 5 cyklů na jednom nanomolu proteinu naneseného na polyvinyliden difluoridovou (PVDF) membránu, pokud aminokyselinová sekvence obsahuje ty zbytky, které jsou uvedeny ve sloupci „spolehlivě vyvolané“ v tabulce 1. Na konferenci MPSA 1994 se zaměříme na ilustraci současné využitelnosti této metody sekvenování C-konce při sekvenování proteinů imobilizovaných na PVDF.
.