SRA

Podrobnosti o předkládání

Registrace studie a subjektů v dbGaP

Interaktivní přehled předkládání dbGaP naleznete zde.

Soubor dokumentace k předkládání dbGaP si můžete stáhnout [zde.

Všechny dotazy týkající se této fáze předkládání je třeba směřovat na adresu [email protected].

SRA: Předložte metadata o sekvenování kurátorovi SRA

Kontaktujte pracovníky SRA na adrese [email protected] a do předmětu uveďte přístupové číslo vaší studie (phs######) (pomůže to přiřadit váš problém správné osobě) a SRA vám poskytne tabulku s metadaty o sekvenování, kterou vyplníte a vrátíte.

Sloupec vzorků v tabulce sekvenačních metadat bude předem vyplněn vašimi identifikátory dbGaP (přístup studie a identifikátory vzorků dbGaP). Tabulku budete muset doplnit o požadované technické údaje a názvy a kontrolní součty MD5 sekvenčních souborů, které budete nahrávat

Upozorňujeme, že každý library_id musí být jedinečný, název by měl uživatelům umožnit identifikaci a rozlišení vašich sekvencí a popis návrhu by měl být krátký (1 až 3 věty) materiál a metody popisující, jak byla knihovna připravena a sekvenována. Další pokyny a popisy jsou uvedeny v tabulce. Popis návrhu uveďte jako jednořádkový text bez nových řádků nebo speciálních znaků.

SRA: Přeneste soubory sekvencí na chráněný účet SRA

Kurátor SRA vám pomůže s nahráním souborů po vyplnění a vrácení tabulky metadat sekvenování.

Po vyplnění tabulky metadat nahrajte datové soubory pouze na účet pro nahrávání, který vám byl poskytnut.

Budete muset:

1. Vytvořit pár klíčů ssh.
2. Poskytnout NCBI soubor s veřejným klíčem (například *.pub).
3. Pro přenos souborů použijte ascp.

Předkladatelé musí k přenosu datových souborů použít program příkazového řádku ascp od společnosti Aspera. Program ascp je přibalen k aplikaci Aspera Connect, která je k dispozici ke stažení zde:

Tento program mohou předkladatelé, kteří předávají data do NCBI a z NCBI, používat zdarma. Zkontrolujte u svého místního síťového týmu, zda je povolen přenos UDP pro následující rozsah IP: 130.14.\*.\* a 165.112.\*.\*. Firewall musí také povolit provoz ssh směrem ven do NCBI.

Páry klíčů Aspera

Předkladatelé budou muset vytvořit páry klíčů, aby mohli používat účet pro odesílání dat Aspera (viz pokyny níže pro vytvoření páru klíčů v různých operačních systémech).

Zasílejte pouze veřejný klíč kurátorovi SRA, který aktuálně pomáhá získat přístup k účtu pro odesílání dat [email protected].

Uživatelé systémů Linux/Unix a OS X

Uživatelé systémů Linux/Unix a OS X mohou použít nástroj ssh-keygen pro příkazový řádek.

Následující příkazový řádek vytvoří soukromý klíč (mykey) a veřejný klíč (mykey.pub) v aktuálním pracovním adresáři:

PuTTYgen pro Windows

Návod pro stažení a použití nástroje PuTTYgen pro generování dvojice klíčů naleznete v podrobnějším návodu zde:

Použití příkazového řádku programu Aspera

Po přidání klíče a získání přístupu můžete nahrát své soubory prostřednictvím ascp.

Příklad příkazu ascp pro nahrávání dbGaP:

Kde:

• <directory> je buď test nebo protected.
• <key file> je soubor se soukromým klíčem (musí být použit celý název cesty).

Pro chráněné přenosy nenastavujte volbu -T.

Potvrzení přijetí dat

Po nahrání všech souborů a metadat potvrďte kurátorovi SRA, že je část vašeho podání dbGAP pro SRA kompletní. Kurátor může poskytnout zprávu o souborech, které byly nahrány. Na webových stránkách dbGaP je také k dispozici noční hlášení podle vzorků. V níže uvedené adrese změňte přístup phs000000 na svou studii, abyste získali zprávu. Pro zprávu ve formátu XML změňte rettype=html na rettype=xml.

.