Zavedení systému
Předkové Tokugawy Iejasua, zakladatele Edo bakufu, byli Matsudairové, rod Sengoku daimjóů z hornaté oblasti provincie Mikawa (v dnešní prefektuře Aiči), kteří si vybudovali základnu jako daimjóové postupem do rovin Mikawy. Když však byli napadeni a poraženi mocným rodem Oda ze západu, byl Ieyasuův otec Hirotada zabit. Ieyasu byl předtím poslán k rodu Imagawa jako rukojmí, aby upevnil spojenectví, ale cestou byl zajat rodem Oda. Po otcově smrti byl Ieyasu poslán k Imagawům a strávil tam 12 let ve vazbě. Když v roce 1560 Oda Nobunaga zničil rod Imagawů v bitvě u Okehazamy a zahájil tak svůj sjednocovací kurz, byl Ieyasu konečně propuštěn. Ieyasu se vrátil do Okazaki v Mikawě a dostal tuto provincii pod svou kontrolu. Jako Odův spojenec střežil týl pro postup na Kjóto a poté vedl vlastní vojenská tažení a postupoval neustále na východ. V roce 1582 se stal mocným daimjóem, který kromě své domovské provincie Mikawa vlastnil čtyři provincie Suruga a Tótómi (dnešní prefektura Šizuoka), Kai (prefektura Jamanaši) a jižní Šinano (prefektura Nagano).
Když se Hidejoši chopil moci, Iejasu mu zpočátku odporoval. Pak se však podvolil, a protože se stal nejmocnějším daimjóem mezi Hidejošiho vazaly, stal se šéfem pěti tairō (vyšších ministrů), nejvyšších úředníků Hidejošiho režimu. Po Hidejošiho smrti se daimjóové rozdělili na ty, kteří podporovali Hidejošiho, a ty, kteří stáli na straně Iejasua. Situace vyvrcholila v bitvě u Sekigahary v roce 1600, kde Ieyasu dosáhl rozhodujícího vítězství a upevnil svou národní nadvládu. Ieyasu viděl, že Nobunaga ani Hidejoši nedokázali upevnit trvalý režim, a v roce 1603 založil Edo bakufu (známější jako Tokugawský šógunát ), aby toto postavení legalizoval. Přijal titul šóguna a v této době vykonával pevnou kontrolu nad zbývajícími daimjó. Pod záminkou přidělení odměn po Sekigahaře vyvlastnil, zredukoval nebo přemístil velký počet daimjóů, kteří se mu postavili na odpor. Jejich zkonfiskovanou půdu buď předal příbuzným a držitelům rodu Tokugawa, aby je etabloval jako daimjó a zvětšil jejich majetek, nebo si ji vyhradil jako domény rodu Tokugawa. Hidejošiho syn a dědic Hidejoši byl navíc degradován na daimjóa oblasti Kinki (oblast Ōsaka). Dva roky po založení bakufu se Ieyasu vzdal funkce šóguna ve prospěch svého syna Hidetady a odešel do Sumpu (dnešní město Shizuoka), aby se věnoval upevňování základů bakufu. V roce 1615 Ieyasu zaútočil na hrad Ōsaka a dobyl jej, čímž zničil Hideyoriho a rodinu Toyotomi. Bezprostředně poté byly vyhlášeny Zákony pro vojenské domy (Buke šóhatto) a Zákony pro císařské a dvorské úředníky (Kinčú narabi ni kuge šóhatto) jako právní základ kontroly bakufu nad daimjóy a císařským dvorem. V roce 1616 Ieyasu zemřel, nástupnictví již bylo stanoveno.
Za druhého a třetího šóguna, Hidetady a jeho nástupce Iemitsua, politika kontroly bakufu dále postupovala, až systém bakuhan – vládní systém tokugawského šógunátu; doslova kombinace bakufu a han (panství daimjó) – dosáhl svého završení. Reorganizací v letech 1633-42 byla téměř dokončena exekutiva vlády bakufu, kterou představovaly úřady vyšších radních (rōjū), nižších radních (wakadoshiyori) a tří komisařů (bugyō) pro chrámy a svatyně v zemi, šógunovo hlavní město a pokladnu bakufu. Pokračovaly konfiskace a zmenšování panství a docházelo také k rozsáhlým přesunům daimjó, při nichž byly strategické okresy Kantō, Kinki a Tōkaidō rozděleny mezi daimjó, kteří byli příbuznými a podržtašky bakufu, čímž byli „vnější“ páni (tozama) drženi pod kontrolou. Spolu s přeskupením daimjóů se na klíčových místech v celé zemi zvětšily i pozemky pod přímou kontrolou bakufu. Nejdůležitější města – Kjóto, Ósaka a Nagasaki – a doly (zejména ostrov Sado) se rovněž dostaly pod přímou správu bakufu a sloužily ke kontrole obchodu, průmyslu a živností.
Bakufu také revidovalo zákony pro vojenské domy a zavedlo systém zvaný sankin kōtai (alternativní docházka), podle kterého museli daimjóové každý druhý rok slavnostně navštěvovat Edo, zatímco jejich manželky a děti pobývaly trvale v Edu jako rukojmí. Tento systém také nutil daimjó – zejména potenciálně nebezpečné tozamy, kteří žili nejdále – vynakládat velké částky na podporu dvou oddělených správních struktur a cest do Eda a zpět. Kromě toho byli daimjóové nuceni pomáhat při takových veřejných pracích, jako byla výstavba hradů v doménách bakufu, čímž byli udržováni ve finančních potížích. Domény Tokugawa bakufu nyní představovaly více než sedm milionů koku – přibližně čtvrtinu celé země. Z těchto pozemků byly více než čtyři miliony koku pod jeho přímou kontrolou a tři miliony koku byly rozděleny mezi hatamoto a gokenin, vazaly bakufu. Kromě toho, protože bakufu vyhlásil monopol na zahraniční obchod a jako jediný měl právo vydávat měnu, disponoval podstatně většími finančními zdroji než daimjóové. Také vojenskou silou byl mnohem mocnější než kterýkoli jednotlivý daimjó.
Souběžně se strukturální organizací bakufu jako nejvyšší moci se postupně utvářela i správa domény (hansei) daimjó. Vztah mezi šógunem a daimjóem byl vztahem pána a vazala, založeným na feudálním systému chigjó. Teoreticky patřila půda šógunovi, který ji rozděloval mezi pány jako zvláštní laskavost neboli go-on. Aby se válečník mohl stát daimjó, musel ovládat půdu, která produkovala alespoň 10 000 koku. Na oplátku měl daimjó povinnost poskytovat šógunovi vojenské a jiné služby. Přesně stejné spojení existovalo mezi pány domén a jejich držiteli; aby daimjóové mohli soustředit a posílit svou vládu, bylo nutné, aby toto spojení upevnili. Aby daimjóové omezili tradiční právo svých vazalů na čigjó neboli poddanství, odměňovali je místo toho rýžovými stipendii (kuramai), čímž zvyšovali jejich závislost na daimjóovi. Zároveň se touto politikou zvýšil počet pozemků pod přímou kontrolou daimjóa, což posílilo ekonomickou základnu domény. Daimjóové tak vůči svým vazalům používali stejné metody jako bakufu k jejich kontrole. Tímto způsobem byl vytvořen hierarchický, „feudální“ režim pomocí systému kokudaka, který sahal od šóguna přes daimjóa až k jeho poddaným.
Kontrola nad zemědělským obyvatelstvem byla nyní dále posílena. Přehled půdy Taikō uznal práva rolníků jako skutečných obdělávatelů půdy a učinil je odpovědnými za placení daní. Podobný záměr měly i pozemkové průzkumy bakufu a daimjóů, které byly mnohem podrobnější a přesnější, neboť jim šlo o získání co největšího daňového výnosu. Tokugawské vesnice se tak lišily od vesnic v předchozích obdobích, které byly pod kontrolou místních statkářů neboli mjóšú. Tokugawské vesnice tvořilo hlavní jádro drobných zemědělců, obecně nazývaných hyakushō. Protože vesnice byly nyní správními jednotkami nového režimu, byl vytvořen třístupňový systém vesnických úředníků – nanuši (nebo šója), kumigašira a hyakušódaj, kteří vykonávali jeho funkce. Obyvatelé měst a vesnic v celé zemi museli vytvářet gonin-gumi („skupiny pěti domácností“) neboli sousedské spolky, které měly podporovat společnou odpovědnost za placení daní, zabraňovat přestupkům proti zákonům svých pánů, poskytovat si vzájemnou pomoc a dohlížet na sebe navzájem. Hospodářská kontrola rolníků byla dále posílena. Bylo jim přísně zakázáno kupovat, prodávat nebo opouštět svou půdu či měnit své zaměstnání; minutová omezení se týkala také jejich oděvu, stravy a bydlení. Kniha Keian no Ofuregaki („Proklamace éry Keian“), vyhlášená bakufu v roce 1649, byla souhrnem politik bakufu určených ke kontrole venkovské správy.
.