Třemi cíli taxonomie rostlin jsou identifikace, klasifikace a popis rostlin. Rozdíl mezi těmito třemi cíli je důležitý a často přehlížený.
1. Identifikace rostlin je určení identity neznámé rostliny porovnáním s dříve nasbíranými exempláři nebo s pomocí knih či určovacích příruček. Proces identifikace spojuje exemplář s publikovaným jménem. Jakmile je exemplář rostliny identifikován, je známo jeho jméno a vlastnosti.
2. Klasifikace rostlin je zařazování známých rostlin do skupin nebo kategorií s cílem ukázat určitý vztah. Vědecká klasifikace se řídí systémem pravidel, který standardizuje výsledky a seskupuje po sobě jdoucí kategorie do hierarchie. Například čeleď, do které patří lilie, je klasifikována takto:
- Rod:
- Rozdělení: Rostliny (Plantae)
- Rozdělení:
- Třída: Magnoliophyta
- Třída: Liliopsida
- Řád: Liliopsida Liliales
- Člen: Liliaceae
- Rod:
- Druhy: Borovice, chvojka, mléč, pampeliška atd:
- Rod: ……
Klasifikace rostlin vede k uspořádanému systému pro pojmenování a katalogizaci budoucích exemplářů a v ideálním případě odráží vědecké představy o vzájemných vztazích mezi rostlinami. Soubor pravidel a doporučení pro formální botanickou nomenklaturu, včetně rostlin, se řídí Mezinárodním kodexem nomenklatury pro řasy, houby a rostliny, zkráceně ICN.
3. Popis rostlin je formální popis nově objeveného druhu, obvykle ve formě vědeckého článku s použitím pokynů ICN. Názvy těchto rostlin jsou pak registrovány v Mezinárodním indexu názvů rostlin spolu se všemi ostatními platně publikovanými názvy.