Politická restrukturalizace
Hlavním problémem pro Gorbačova bylo, že na nejvyšších místech neexistovala shoda v tom, čeho by se mělo dosáhnout perestrojkou, glasností a demokratizací. Radikální reformátoři Gorbačov, Jakovlev a Ševardnadze byli převálcováni umírněnými reformátory Ligačovem, Ryžkovem a dalšími. Problém byl umocněn zjevnou neujasněností Gorbačovova vlastního myšlení. Nikdy nebyl schopen vytvořit ucelený cíl a prostředky k jeho dosažení. Jeho frustrace ze stranického aparátu ho vedla k formulaci velmi radikálního řešení – k jeho vykastrování. Chtěl jej vyloučit z každodenní účasti na řízení ekonomiky a ukončit jeho nadvládu nad státní legislativou a stranickými záležitostmi. Sekretariát byl mozkem strany a tam se přijímala všechna klíčová rozhodnutí. Gorbačov chtěl ukončit nadvládu stranických funkcionářů nad sověty. Tohoto pozoruhodného úspěchu dosáhl na 19. stranické konferenci v červnu 1988. Strana tím ztratila svou dominantní roli v centru politického procesu, ale pomstila se Gorbačovovi tím, že upevnila svou moc na periferii, kde se jí slabé sověty nemohly rovnat. Došlo tedy k odstředivému toku moci z centra na periferii. Tento proces probíhal již od Stalinovy smrti a odstranění Chruščova podtrhlo vliv místních stranických funkcionářů. Brežněvova éra tok moci na periferii ještě umocnila.
V březnu 1989 se konaly volby do Sjezdu lidových poslanců SSSR, který nahradil Nejvyšší sovět SSSR jako nejvyšší orgán státní moci. Asi 88 % poslanců byli komunisté, ale v té době již komunistická strana nebyla monolitní stranou. Sjezd zvolil ze svého středu dvoukomorový zákonodárný sbor (nazývaný Nejvyšší sovět), jehož každá komora měla 271 členů. Jednání předsedal Gorbačov. Boris Jelcin se stal členem Nejvyššího sovětu poté, co v jeho prospěch odstoupil jiný poslanec. Jelcin byl v listopadu 1987 po zuřivé hádce s Ligačevem odvolán z funkce moskevského stranického předsedy a z členství v politbyru. Gorbačov se rozhodl ho nepodpořit. Tím začal titánský boj mezi Gorbačovem a Jelcinem, který měl vyústit v Gorbačovovo politické zničení. Jelcin měl jako poslanec poprvé k dispozici celostátní platformu a velmi obratně ji využil. Hlavním těžištěm jeho útoků byla stranická privilegia, neúspěch perestrojky, potřeba tržních reforem a osobní kritika Gorbačovova vedení.
Nový model na vrcholu se opakoval v každé republice. Byly zvoleny sjezdy a z nich vzešly Nejvyšší sověty. Počátkem roku 1990 se konaly také volby do místních sovětů, které vedly k mnoha otřesům. Komunističtí funkcionáři, povzbuzovaní Gorbačovem ke kandidatuře, byli často poraženi, i když kandidovali jako jediní. Aby byl poslanec zvolen, potřeboval více než 50 procent odevzdaných hlasů. Glasnosť umožnila neruským národnostem vyjádřit svůj nesouhlas s ruskou a komunistickou nadvládou a vedla k růstu nacionalismu a regionalismu. To se ještě zhoršilo v důsledku hospodářského úpadku. Zejména v pobaltských republikách mnozí tvrdili, že své hospodářské záležitosti dokážou řídit lépe než Moskva. Zesílily mezietnické spory a konflikty, které někdy vyústily v krveprolití. Konflikt v Náhorním Karabachu, Armény ovládané enklávě v Ázerbájdžánu, byl nejsilnější a nejostřejší. Nově zvolený Nejvyšší sovět si mohl nárokovat, že mluví jménem obyvatelstva. To platilo zejména v Pobaltí. Politika více stran se stala legitimní v roce 1990, kdy byl zrušen článek 6 ústavy, který zaručoval komunistický monopol. V příznivém klimatu glasnosti a demokratizace vznikly stovky, ba tisíce neformálních sdružení a posléze stran. Lidové fronty, nejvýrazněji v Pobaltí, sdružovaly všechny odpůrce moskevské nadvlády a usilující o nezávislost. Protože tyto fronty ovládly Nejvyšší sověty, mohly vydávat prohlášení o suverenitě. V březnu 1990 šla Litva ještě dál a vyhlásila nezávislost. V květnu 1990 se Jelcin stal, i přes Gorbačovův tvrdý odpor, předsedou ruského Nejvyššího sovětu. Následující měsíc se ruský SSSR prohlásil za suverénní stát. Prohlásila, že její zákony mají přednost před zákony sovětskými. Gorbačov to označil za neplatné. Tak tomu bylo v každé republice, která se prohlásila za suverénní. Říkalo se tomu „válka zákonů“. V důsledku toho se přežití SSSR stalo otázkou.
Gorbačov se brzy nabažil „nově vypadajícího“ Nejvyššího sovětu SSSR a při hledání vzoru rozprostřel své sítě ještě šířeji. Nakonec se rozhodl pro výkonné prezidentství založené na kombinaci amerického a francouzského prezidentství. Podle amerických zvyklostí potřeboval viceprezidenta. Bohužel si vybral Gennadije Janajeva – kazašský vůdce Nursultan Nazarbajev a Ševardnadze tuto funkci odmítli. Rada ministrů SSSR byla zrušena a nahrazena kabinetem ministrů podřízených prezidentovi. Na papíře Gorbačov dosáhl svých ambicí: stal se hlavním rozhodovatelem a skutečně ústavním diktátorem. Jeho autorita, respektive schopnost rozhodovat, nebyla nikdy vyšší. Moc, která provází funkci prezidenta ve Spojených státech a ve Francii, na něj však nebyla přenesena. Jeho moc či schopnost nechat svá rozhodnutí realizovat denně klesala.
Podněty k reformám přicházely od politicky aktivní části komunistické strany a společnosti. Opozice proti perestrojce však byla nejostřejší v téže skupině. Zastánci reforem věděli, že stranický a státní aparát byl v minulosti mistrem v blokování reforem, které považoval za odporující jejich zájmům. Jediným způsobem, jak reformu prosadit, bylo použít beranidlo. Během prvních tří let Gorbačov zahájil řadu reforem. Pokaždé, když narazil na odpor stranických konzervativců, ustoupil a hledal jinou cestu k postupu. Podle Jakovleva, jednoho z architektů perestrojky a jejího hlavního teoretika, dosáhla revoluce shora kritického bodu na 19. stranické konferenci v červnu 1988. Tam byl Gorbačov postaven před ostrou volbu: postupovat vpřed a proměnit perestrojku ve „skutečně lidově demokratickou revoluci, jít až do konce a poskytnout společnosti naprostou svobodu“, nebo se stáhnout, zůstat komunistickým reformátorem a zůstat v dobře známém prostředí byrokracie. Jakovlev viděl různá nebezpečí, která perestrojce hrozila: mohla být zadušena stalinistickou reakcí nebo brežněvovským konzervatismem nebo se jí mohli zmocnit úředníci, kteří pronášeli její hesla, zatímco si mezi sebou přerozdělovali moc. Volba byla mezi skutečnou a řízenou demokracií. Počátkem roku 1988 byl Fjodor Burlatskij členem malé skupiny pod předsednictvím Anatolije Lukjanova. Ta navrhovala dvoustupňový přístup k volbě Nejvyššího sovětu. Právní moc měla být svěřena místním sovětům, ale vztah mezi stranou a sověty zůstal nejasný. Burlatskij navrhoval přímé volby Nejvyššího sovětu, prezidenta a viceprezidenta, ale proti tomu se postavili všichni kromě Jakovleva. Gorbačov mohl provést politickou revoluci, ale věrný své strategii nízkého rizika zvolil Lukjanovův návrh. To byla osudová chyba. Kdyby Gorbačov kandidoval ve volbách na prezidenta, mohl vyhrát. Stal by se tak lidovým prezidentem. Místo toho se nechal zvolit Sjezdem lidových poslanců SSSR, tedy orgánem ovládaným komunisty. Bohužel pro Gorbačova tím otevřel Pandořinu skříňku. Společenské a politické síly probuzené perestrojkou nebylo možné regulovat shora. Pokud by si je Gorbačov nepřivlastnil jako svůj volební obvod, udělali by to jiní. Komunistická strana se bránila pochodu k demokracii a ztrácela své radikálnější členy. Ti založili vlastní skupiny a postavili se straně čelem. Jako nejpravděpodobnější vůdce radikální voličské skupiny se ukázal Boris Jelcin. Jeho zvolení předsedou ruského parlamentu v květnu 1990 se ukázalo být pro Gorbačova zlomovým bodem. Jelcin se stal přitažlivým pólem pro frustrované radikální, zejména ekonomické reformátory. Největších chyb se Gorbačov dopustil v hospodářské politice.