Od roku 1850 je na kambodžské vlajce uprostřed vyobrazen Angkor Vat. Současná vlajka s modrou boncí z roku 1948. Používala se až do 9. října 1970, kdy byla zavedena nová vlajka Lon Nolovy Khmerské republiky, která trvala až do převzetí moci Rudými Khmery v roce 1975. Následující stát Demokratická Kampučie, který existoval v letech 1975-1979, používal od roku 1976 červenou vlajku se zachovaným žlutým vzorem tří věží Angkor Watu. Po vietnamské invazi do Kambodže vznikla v roce 1979 Kampučská lidová republika.
Kampučská sjednocená národní fronta národní spásy (FUNSK) pro nový stát obnovila vlajku přijatou Issarakem Khmerem v dobách protifrancouzského odboje. Tato vlajka měla stejný barevný vzor jako vlajka DK, ale se žlutou siluetou pěti věží Angkor Watu. Když se PRK v roce 1989 přejmenovala na „Stát Kambodža“ (SOC), spodní polovina vlajky se stala modrou. Během přechodného období v letech 1992-1993 byla v rámci Kambodže spolu s vlajkou SOC používána vlajka UNTAC.
V roce 1993 byla znovu přijata kambodžská vlajka z roku 1948. Současná kambodžská vlajka je spolu s vlajkami Afghánistánu, Bolívie, Portugalska, San Marina a Španělska jedinou ze šesti státních vlajek, na které je umístěna budova. Červená a modrá jsou tradiční barvy Kambodže.
Dnes používaná vlajka je stejná jako vlajka zavedená v roce 1948, i když se někdy uvádí, že starší vlajka používala červený obrys Angkor Vatu, zatímco současná vlajka používá právě černou barvu. Od té doby bylo použito pět dalších intervenčních návrhů. Téměř všechny využívaly v té či oné podobě vyobrazení chrámu Angkor Wat. Tento slavný chrámový areál, který pochází z 12. století, nechali postavit panovníci z rodu Mahidharapura. Má pět věží, ale ne vždy byly všechny zobrazeny ve stylizované verzi používané na vlajkách. Monarchie byla obnovena v září 1993, vlajka z roku 1948 byla znovu přijata v červnu téhož roku
.