Mark Edward Nero von About.com erklärte, dass „Daddy“ wahrscheinlich speziell für das Soundtrack-Album von Daddy’s Little Girls geschrieben wurde und dass es sogar „eine Rolle in einer Schlüsselszene spielen könnte.“ In Anspielung auf Beyoncés langjährige Beziehung zu Jay-Z und die jüngsten Gerüchte über eine mögliche Heirat der beiden fügte Nero hinzu, dass der Song zahlreiche Fans mit der Frage zurücklassen könnte, was als nächstes passieren könnte. Marc Anthony Neal vom internationalen Webzine PopMatters hält „Daddy“ für den „bewegendsten Song auf Dangerously in Love“. Er schrieb weiter, dass der Song eine außergewöhnliche Hommage an ihren Vater Mathew Knowles sei und dass Beyoncé „den Mann umarmt, der ihr geholfen hat, die Art von künstlerischem Sprung zu machen, die Dangerously in Love repräsentiert.“ Er fügte abschließend hinzu: „Wenn die Hörer zum fünfzehnten und letzten Track kommen, werden sie von Beyoncés Performance so angenehm überrascht und beeindruckt sein, dass ‚Daddy‘ gar nicht mehr so kitschig erscheint“, aber es ist dieser Song, in dem sie endlich akzeptiert, eine Frau und kein Mädchen zu sein. Erika Ramirez vom Billboard Magazine beschrieb den Song als eine Ode an den Mann, der ihr „Ausdauer eingeflößt hat“.
Anthony DeCurtis vom Rolling Stone kommentierte, dass das Album, das mit einem „Kessel voller Energie“ auf „Crazy in Love“ (2003) beginnt, im Gegensatz dazu mit „Daddy“ endet, das er als fünfminütige Hommage an ihren Manager-Vater beschrieb und als „eine Anthologie von gesanglichen und lyrischen Klischees“ bezeichnete. MTV News schrieb, dass „Daddy“ sich von den anderen Beziehungsliedern auf Dangerously in Love unterscheidet und fügte hinzu, dass es eine starke Botschaft hat. Im Gegensatz dazu nannten Allison Stewart von der Washington Post und Kelefa Sanneh von der New York Times „Daddy“ einen „gruseligen Bonustrack“. Auch Spence D., der für IGN Music schrieb, meinte, dass „Daddy“ es nicht wirklich wert sei, entdeckt zu werden, da es sich um eine „zeitgemäße R&B-Version“ handele, und er kommentierte, dass „es etwas seltsam Unheimliches an sich hat, wenn eine attraktive Frau wie Beyoncé die Worte ‚I want my husband to be like my Daddy‘ singt.“ Mike Wass von der Website Idolator bezeichnete den Song als einen der „Blindgänger“ auf dem Album und fügte hinzu, dass es sich um eine „am besten vergessene Ode an den Vater des Superstars handelt, komplett mit magenverbrennenden Texten wie ‚I want my husband to be like my daddy'“. Im Jahr 2014 bewertete Louis Virtel von der Website HitFix den Song negativ, nannte ihn den schlechtesten auf Dangerously in Love und beschrieb den Text als „ernsthaft vereinfachend“. „Daddy“ erreichte 2014 in den Vereinigten Staaten Platz 26 der Billboard Hot RingMasters Charts.