Dinastie accademiche: incontrare i Nussenzweig

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Fatto!

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I figli dei professori spesso diventano professori loro stessi, come spiegare questo? Beh, è semplice scienza, come hanno stabilito gli studiosi di Edimburgo intorno a Ian Deary e Stuart Ritchie in una ricerca peer-reviewed: I risultati accademici e anche il reddito finanziario sono entrambi geneticamente ereditabili, essendo direttamente collegati al QI che è naturalmente geneticamente ereditabile, la migliore prova scientifica essendo a) le élite politiche inglesi e la nobiltà sono tutte supremamente intelligenti, e b) i bambini provenienti da famiglie a basso reddito, soprattutto quelli di immigrati, soprattutto quelli con la pelle scura, raramente riescono a entrare a Oxbridge. Entrambi per buone ragioni scientifiche.

A questo proposito, è abbastanza chiaro perché sorprendentemente molti professori hanno un papà professore, e a volte anche una mamma professore. A volte nella stessa università dove la loro progenie geneticamente superiore e dotata di QI ha studiato, o anche per occupare la propria cattedra di facoltà. A volte basta semplicemente dire il proprio cognome e ammettere: sì, il tal dei tali è proprio mio padre, mia madre o mio zio, e tutte le porte accademiche si aprono come per magia.

I miei lettori potrebbero ricordare due esempi del genere. Il biologo molecolare del MIT David Sabatini ha messo a lungo in ombra il padre accademico David Sabatini Senior, infatti il junior è così grande e influente che probabilmente non dovrà mai ritrattare un articolo, qualunque esso sia. Un caso molto diverso è quello degli scienziati greci dei materiali con sede negli Stati Uniti Katerina Aifantis e suo padre Elias Aifantis, che è così contorto che anche un team di psichiatri incalliti probabilmente smetterà di strapparsi i capelli.

Il caso seguente è quello della famiglia Nussenzweig, dove per almeno uno dei figli, il professore di immunologia della Rockefeller University, ricercatore di HIV, membro dell’AAAS e della NAS Michel Nussenzweig, una “carriera alternativa” potrebbe essere un’opzione migliore. Ci sono cose su PubPeer che lo suggeriscono almeno. Alcuni di questi articoli sono stati pubblicati con suo fratello Andre Nussenzweig, ricercatore sul cancro al National Cancer Institute (NCI) al NIH di Bethesda.

I loro genitori erano Ruth e Victor Nussenzweig (entrambi deceduti), eminenti immunologi brasiliani che nel 1963 fuggirono dalla dittatura fascista e si stabilirono alla New York University (Ruth Nussenzweig nel 1939 fuggì dai nazisti in Austria). Il loro figlio Michel ha studiato, si è laureato e ha costruito tutta la sua carriera accademica alla vicina Rockefeller University, dove la sua cattedra di facoltà porta il nome dei suoi due famosi mentori di dottorato, Zanvil Cohn e Ralph Steinman. Ora Michel Nussenzweig lavora alla cura del COVID-19, in un recente articolo su Nature, studiando gli anticorpi neutralizzanti del virus.

In effetti, l’approccio di Nussenzweig alla ricombinazione delle immunoglobuline si è rivelato finora un successo clamoroso, con articoli pubblicati su Nature, Cell e Science. Se ha funzionato lì, sicuramente farà battere anche il coronavirus come un recalcitrante peer reviewer.

Iniziamo con un documento del laboratorio di Michel, coautore con suo fratello ed esperto di riparazione del DNA, Andre Nussenzweig.

Anne Bothmer, Davide F. Robbiani, Michela Di Virgilio, Samuel F. Bunting, Isaac A. Klein, Niklas Feldhahn, Jacqueline Barlow, Hua-Tang Chen, David Bosque, Elsa Callen, André Nussenzweig, Michel C. Nussenzweig Regolazione dell’end joining del DNA, della resezione e della ricombinazione dell’immunoglobulina da 53BP1 Molecular Cell (2011) doi: 10.1016/j.molcel.2011.03.019

Quello sembra un gel riutilizzato e sta per due diversi esperimenti, dove sono stati usati due diversi costrutti proteici. Forse un errore, dove qualcuno ha anche erroneamente ritagliato le bande mentre erroneamente le copia-incollava.

Altri incidenti dal laboratorio Rockefeller di Michel, di nuovo con suo fratello come coautore, dove uno dei coautori della carta precedente ritorna come primo autore qui:

Niklas Feldhahn, Elisabetta Ferretti, Davide F Robbiani, Elsa Callen, Stephanie Deroubaix, Licia Selleri, Andre Nussenzweig, Michel C Nussenzweig L’ortolano hSSB1 Obfc2b è essenziale per la scheletogenesi ma dispensabile per la risposta al danno al DNA in vivo The EMBO journal (2012) doi: 10.1038/emboj.2012.247

Un altro coautore, la professoressa Licia Selleri della UCSF, ha spiegato su PubPeer quali cifre esattamente il suo laboratorio ha contribuito (non queste). Ha aggiunto:

“non abbiamo avuto parte nelle analisi della citometria a flusso. Siamo sicuri che il Dr. Feldhahn e il Dr. Nussenzweig risponderanno e affronteranno le vostre preoccupazioni.”

Niklas Feldhahn è ora docente all’Imperial College di Londra. Nel 2006 il suo documento di dottorato dell’Università di Colonia, Germania (Feldhahn et al JEM 2002) è stato ritrattato a causa di “compensazioni errate degli strumenti FACS”, un altro documento di cui Feldhahn è coautore, Klein et al JEM 2004, finora sfuggito a qualsiasi correzione della letteratura. Né Feldhahn né nessuno dei Nussenzweig hanno trovato il tempo di rispondere finora. Questo articolo di Nature dei Nussenzweig potrebbe essere ancora più problematico:

Simone Petersen, Rafael Casellas, Bernardo Reina-San-Martin, Hua Tang Chen, Michael J. Difilippantonio, Patrick C. Wilson, Leif Hanitsch, Arkady Celeste, Masamichi Muramatsu, Duane R. Pilch, Christophe Redon, Thomas Ried, William M. Bonner, Tasuku Honjo, Michel C. Nussenzweig, André Nussenzweig AID è richiesto per avviare la formazione del focus Nbs1/gamma-H2AX e le mutazioni nei siti di commutazione di classe Nature (2001) doi: 10.1038/414660a

È piuttosto chiaro che le due corsie etichettate sono identiche. Questo può accadere per caso o per errore? Dipende da come si definisce l’incidente o l’errore, forse come farsi beccare per falsificazione di dati? Questa volta, è Andre Nussenzweig che è l’ultimo e corrispondente autore qui. Ma nessuno dei due fratelli ha risposto su PubPeer finora, nonostante siano i principali autori senior responsabili. Ci potrebbe essere un modello, osservare che il secondo autore di quella carta 2001 Nature è primo autore in 2002 Cell:

Rafael Casellas, Mila Jankovic, Gesa Meyer, Anna Gazumyan, Yan Luo, Robert Roeder, Michel Nussenzweig OcaB è richiesto per la normale trascrizione e ricombinazione V(D)J di un sottoinsieme di immunoglobuline kappa genes Cell (2002) doi: 10.1016/s0092-8674(02)00911-x

Questo autore principale Rafael Caselas è ora ricercatore principale al National Cancer Institute (NCI) al NIH di Bethesda, dove lavora Andre Nussenzweig. Caselas ha pubblicato anche questo con il suo mentore Michel Nussenzweig:

R Casellas, T A Shih , M Kleinewietfeld, J Rakonjac, D Nemazee, K Rajewsky, M C Nussenzweig Contributo di editing del recettore al repertorio anticorpale Scienza (2001) doi: 10.1126/science.1056600

Questo è ciò che Elisabeth Bik chiama citometria imperfetta. I due diagrammi FACS in rosso sono entrambi diversi e stranamente simili, come suggerisce la popolazione di cellule evidenziata. Come se qualcuno stesse reimpostando un file di dati di un campione di citometria a flusso in due modi leggermente diversi, per rappresentare due diversi esperimenti con anticorpi ricombinati in modo diverso. Ma continuate a leggere, potrebbe esserci una spiegazione più divertente!

Questo scherzo non è stato una bella cosa per questo articolo, su Science nientemeno, e con un tale collaboratore. Lo scienziato tedesco Klaus Rajewsky, nato nel 1936, è un titano leggendario della genetica e dell’immunologia, il suo nome apre tutte le porte accademiche e le porte delle riviste. Per inciso, anche suo figlio Nikolaus Rajewsky ha fatto piuttosto bene in genetica, come funzionano le dinastie accademiche, è tutta eredità genetica del QI, si sa. Padre e figlio Rajewsky hanno corretto nel 2017 la loro carta congiunta Cell Xiao et al 2007, per “duplicazione della trama FACS”. La situazione sembra in qualche modo simile a quella della carta di Caselas et al 2001, perché i Rajewskys hanno spiegato nella correzione:

“Le piccole differenze delle percentuali in due dei pannelli sulla destra sono dovute a un software FlowJo aggiornato.”

Spero che i Rajewskys abbiano fatto causa a quei cattivi produttori di software FlowJo o almeno abbiano cancellato quell’aggiornamento malefico. In ogni caso, non è sicuramente piacevole trovare prove di manipolazione dei dati nei documenti di Klaus Rajewski, soprattutto perché c’era già la già citata ritrattazione del 2006 con Feldhahn di Colonia, che a quel punto era già andato negli USA a lavorare con Michel Nussenzweig.

Niente Feldhahn o Caselas nel successivo paper congiunto di Michel Nussenzweig e Klaus Rajewski però:

Yair Dorsett, Kevin M. McBride, Mila Jankovic, Anna Gazumyan, To-Ha Thai, Davide F. Robbiani, Michela Di Virgilio, Bernardo Reina San-Martin, Gordon Heidkamp, Tanja A. Schwickert, Thomas Eisenreich, Klaus Rajewsky, Michel C. Nussenzweig MicroRNA-155 sopprime la traslocazione Myc-Igh indotta dall’attivazione della citidina deaminasi Immunity (2008) doi: 10.1016/j.immuni.2008.04.002

La brutta notizia è che le immagini differiscono in luminosità/contrasto pur mostrando esattamente la stessa scansione del gel, ogni singolo punto dello sfondo corrisponde. Perché qualcuno dovrebbe regolare la luminosità quando accidentalmente copia-incolla un’immagine? La buona notizia è che il Journal of Immunology, pubblicato dalla società, è un po’ una fabbrica di frodi che lascia scorrere cose molto peggiori di questa, per persone molto meno importanti.

Da sinistra a destra: citometria difettosa, Michel Nussenzweig, Klaus Rajewsky. Foto originale: MDC Berlino.

Ma torniamo brevemente al malvagio software di citometria a flusso che fabbrica numeri diversi per plot FACS identici. Perché questo è quello che deve essere successo qui:

Dimitris Skokos, Michel C. Nussenzweig CD8- DCs inducono IL-12-independent differenziazione Th1 attraverso Delta 4 Notch-like ligand in risposta a LPS batterico The Journal of experimental medicine (2007) doi: 10.1084/jem.20062305

Il primo autore Dimitris Skokos è diventato grande nell’industria farmaceutica, ed è professore aggiunto alla Rockefeller University. Si è formato lì sotto lo stesso mentore di Michel Nussenzweig, apparentemente il Nobel Ralph Steinman ha insegnato loro, citazione:

“Fai di tutto per realizzare la tua prima osservazione scientifica. Non ascoltare mai le persone senza immaginazione. Fate solo del vostro meglio”

A quanto pare alcuni allievi di Steinman presero il suo consiglio troppo alla lettera.

Il prossimo caso è solo un’immagine identicamente duplicata, che di per sé significa poco. Ma sembra, cose come questo o peggio sembrano accadere ricorrentemente per caso nel laboratorio di Michel Nussenzweig al Rockefeller.

Sergey Yurasov , Hedda Wardemann, Johanna Hammersen, Makoto Tsuiji, Eric Meffre, Virginia Pascual, Michel C. Nussenzweig Defective B cell tolerance checkpoints in systemic lupus erythematosus The Journal of Experimental Medicine (2005) doi: 10.1084/jem.20042251

Ma ora, un articolo senza Michel, ma con Andre Nussenzweig. Che per qualche ragione ha deciso di non correggere la letteratura qui:

Longyue L Cao, Xioaling Xu, Samuel F. Bunting, Jie Liu, Rui-Hong Wang, Longyue L. Cao, J. Julie Wu, Tie-Nan Peng, Junjie Chen, Andre Nussenzweig, Chu-Xia Deng, Toren Finkel Un requisito selettivo per 53BP1 nella risposta biologica all’instabilità genomica indotta dalla carenza di Brca1 Molecular Cell (2009) doi: 10.1016/j.molcel.2009.06.037

“L’esame dello sfondo è facilitato dal miglioramento del contrasto.”

Per qualche motivo, tutti e tre i frammenti di western blot evidenziati mostrano lo stesso sfondo. I due blu incorniciati sono copie orizzontali speculari l’una dell’altra, ma il terzo frammento mostra una banda di gel che è la stessa (lato sinistro) e una banda di gel che è totalmente diversa (lato destro). Con le frecce verdi che indicano alcune irregolarità che suggeriscono la cancellazione o altri ritocchi digitali. Ma naturalmente anche qui, ci sono altre spiegazioni meno pedestri.

I redattori di Molecular Cell sono citati su PubPeer da oltre 2 anni fa con “È stato indagato e gestito secondo il nostro processo per i problemi post pubblicazione”. Non è stata intrapresa alcuna azione su questo documento fino ad oggi. L’ultimo autore, Toren Finkel dell’Università di Pittsburgh, ha diversi articoli su Pubpeer, una tale pubblicazione dal suo laboratorio (Narayan et al Nature 2012) è stata ritrattata, ufficialmente per essere irriproducibile.

Era davvero necessario che i fratelli Nussenzweig diventassero scienziati come i loro genitori, con questo atteggiamento verso l’integrità dei dati? Ma sì, certo, questo è esattamente il modo in cui la biomedicina progredisce da un articolo di Nature a un altro sussidio NIH. Ed è così che Michel Nussenzweig curerà la COVID-19, con gli articoli di Nature.

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