Mark Edward Nero, de About.com, declaró que «Daddy» probablemente fue escrita específicamente para el álbum de la banda sonora de Daddy’s Little Girls y que incluso podría «desempeñar un papel en una escena crucial». Haciendo referencia a la larga relación de Beyoncé con Jay-Z y a los recientes rumores sobre la posibilidad de que se casen, Nero añadió que la canción podría dejar a numerosos fans preguntándose qué podría ocurrir a continuación. Marc Anthony Neal, del webzine internacional PopMatters, consideró que «Daddy» es la «canción más impactante de Dangerously in Love». Continuó escribiendo que la canción es un extraordinario homenaje a su padre Mathew Knowles, afirmando que Beyoncé «abraza al hombre que ha ayudado a dar el tipo de salto artístico que representa Dangerously in Love». Terminó añadiendo que «para cuando los oyentes lleguen a la decimoquinta y última pista, habrán quedado tan gratamente sorprendidos e impresionados por la actuación de Beyoncé en todo momento, que ‘Daddy’ parece menos cursi», pero es en esta canción donde finalmente acepta el estado de ser una mujer, en lugar de una niña. Erika Ramirez, de la revista Billboard, describió la canción como una oda dedicada al hombre que le «inculcó la perseverancia».
Anthony DeCurtis, de Rolling Stone, comentó que el álbum, que comienza con el «hervidero de energía» de «Crazy in Love» (2003), termina por contraste con «Daddy», que describió como un homenaje de cinco minutos a su mánager-padre, y que consideró «una antología de clichés vocales y líricos». MTV News escribió que «Daddy» es diferente de las otras canciones sobre relaciones en Dangerously in Love, y añadió que tiene un poderoso mensaje. Por el contrario, Allison Stewart, de The Washington Post, y Kelefa Sanneh, de The New York Times, calificaron «Daddy» de «espeluznante bonus track». Del mismo modo, Spence D., escribiendo para IGN Music, declaró que «Daddy» no merece realmente la pena ser descubierta, ya que sigue la línea de ser «una interpretación contempo R&B», y comentó que «hay algo extrañamente espeluznante en una mujer atractiva como Beyoncé cantando las palabras ‘Quiero que mi marido sea como mi papá'». Mike Wass, del sitio web Idolator, calificó la canción como uno de los «fiascos» del álbum y añadió que era una «oda mejor olvidada al padre de la superestrella, completa con una letra que revuelve el estómago como ‘Quiero que mi marido sea como mi papá'». En 2014, Louis Virtel, del sitio web HitFix, hizo una crítica negativa de la canción, calificándola como la peor de Dangerously in Love y describiendo su letra como «seriamente simplista». «Daddy» alcanzó el número 26 en las listas Billboard Hot RingMasters de Estados Unidos en 2014.