Iniziamo con un’introduzione alla biologia rilevante, spiegando cosa misuriamo e perché. Poi ci concentriamo sulle due principali tecnologie di misurazione: il sequenziamento di nuova generazione e i microarray. Poi passiamo a descrivere come i dati grezzi e le informazioni sperimentali vengono importati in R e come usiamo le classi Bioconductor per organizzare questi dati, sia generati localmente, sia raccolti da depositi pubblici o archivi istituzionali. Le caratteristiche genomiche sono generalmente identificate usando intervalli in coordinate genomiche, e algoritmi altamente efficienti per il calcolo con intervalli genomici saranno esaminati in dettaglio. Metodi statistici per testare ipotesi gene-centriche o pathway-centriche con dati su scala genomica si trovano in pacchetti come limma, alcune di queste tecniche saranno illustrate nelle lezioni e nei laboratori.
Data la diversità del background educativo dei nostri studenti abbiamo diviso la serie in sette parti. Potete seguire l’intera serie o i singoli corsi che vi interessano. Se siete statistici dovreste considerare di saltare i primi due o tre corsi, allo stesso modo, se siete biologi dovreste considerare di saltare alcune delle lezioni introduttive di biologia. Notate che la statistica e gli aspetti di programmazione della classe aumentano di difficoltà in modo relativamente rapido nei primi tre corsi. Al terzo corso verranno insegnati concetti statistici avanzati come i modelli gerarchici e al quarto competenze avanzate di ingegneria del software, come il calcolo parallelo e i concetti di ricerca riproducibile.
Questi corsi costituiscono due certificati professionali e sono autodidattici:
Data Analysis for Life Sciences:
- PH525.1x: Statistica e R per le scienze della vita
- PH525.2x: Introduzione ai modelli lineari e algebra di matrice
- PH525.3x: Inferenza statistica e modellazione per esperimenti ad alta produttività
- PH525.4x: Analisi dei dati ad alta dimensione
Analisi dei dati genomici:
- PH525.5x: Introduzione a Bioconductor
- PH525.6x: Casi di studio in genomica funzionale
- PH525.7x: Advanced Bioconductor
Questo corso è stato sostenuto in parte dalla sovvenzione NIH R25GM114818.
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