1897年4月19日、ミズーリ州カークスヴィルで、アメリカン・スクール・オブ・オステオパシーの学生たち、特にアンドリュー・テイラー・スティルによって、アメリカン・オステオパシーの振興協会として設立されました。 1901年にアメリカン・オステオパシー協会と改名した。
1901年9月、AOAは「Journal of the American Osteopathic Association」という科学雑誌を発行し始めた。 購読はAOA会員に提供され、当時の会費は年額5ドルでした。 ジャーナルは、最初の1年間は隔月で発行され、その後は毎月発行されました。 1903年、AOAはオステオパシー医科大学の最初の認定調査を実施した。 その3年後、米国医師会が米国の医学部授与校の認定調査を初めて実施した。 1927年4月、AOAは、オステオパシー医学、AOA、関連団体に関連するニュースを扱う月刊誌「オステオパシーのフォーラム」の発行を開始しました。 1960年9月、この雑誌は「DO」と改名された。
1900年代初頭、AOAは安全性と有効性への懸念から、オステオパシー医学のカリキュラムに薬学を導入することに反対していた。 しかし、1929年にAOA理事会は、D.O.学校で薬理学を教えることを許可することを決議しました。 1938年には、AOAはオステオパシー医学生に少なくとも1年間の大学学部での履修を要求し始め、1940年には2年間の履修を要求しました。 1943年、AOAは病院やその他の医療施設を認定する組織である医療施設認定プログラム（HFAP）を設立した。
1957年には、米国保健教育福祉省がAOAをオステオパシー医学教育の公式認定組織として承認した。 1967年、全米認定委員会（現在の高等教育認定評議会）は、AOAをオステオパシー医学教育のすべての側面に関する公式認定機関として承認した。 保健教育福祉省（現：保健福祉省）は、1966年にAOAをメディケア下のオステオパシー病院の公式認定機関として認定した。 2015年10月、AOAは医療施設認定プログラムを病院／医療システム認定協会に売却した。
2016年、D.O.の医師グループがAOAに対して反トラスト訴訟を起こし（Talone et al v. The American Osteopathic Association）、医師がAOAボード認定の条件としてAOAメンバーシップを購入しなければならないことを争点に訴えを起こしている。 2018年、AOAと医師は3,500万ドルの和解合意に達しました。 和解の一環として、AOAは、医師がAOA理事会認定を受けるためにAOA会員権を購入することを義務付ける方針を終了することに同意しました。 和解は2019年に確定した。
2021年、AOAは米国内科学会（ABIM）に対して訴訟を起こした。 この訴訟は、そのレジデンシーの卒業生がABIMのボード認証を受ける資格を得るために、プログラムディレクターにABIMのボード認証を受けることを要求するABIMの方針に向けられたものである。
AOAは、1,000人以上の整骨医（D.O.）と整骨医学生がワシントンDCに行き、ヘルスケアへのアクセスの課題など、現在の医療の問題について議会の議員に会って議論する、毎年の「キャピタルヒルでのD.O. Day」を支持している。 このイベントは、議員たちがヘルスケアやオステオパシー医学について学ぶ機会であり、医学生が政治プロセスに親しむ機会にもなっています
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