伝統的にクラスレート化合物は、分子ゲストを含む高分子ホストを指します。 最近では、カリックスアレーンやシクロデキストリン、さらにはゼオライトのような無機ポリマーを含む多くの分子ホストを指すようになった。 2008年には、日本から天然のシリカクラスレート鉱物であるチバイトが報告された
多くのクラスレートは、有機水素結合性フレームワークに由来する。 これらの骨格は、複数の水素結合相互作用によって「自己会合」する分子から調製される。 最も有名なクラスレートはメタンクラスレートで、水素結合骨格は水が寄与し、ゲスト分子はメタンである。 永久凍土層や海底に大量のメタンが自然凍結した状態で存在する。 このほか、ヒドロキノン、尿素、チオ尿素などからも水素結合ネットワークを得ることができる。
Cd(CN)2-CCl4: 四塩化炭素（灰色のC原子と緑の無秩序なCl位置）をゲストとして含むシアン化カドミウムクラスレート骨格（青で表示）。
ホフマン化合物はNi(CN)4-Ni(NH3)2という式で表される配位高分子化合物である。 この材料は小さな芳香族ゲスト（ベンゼン、ある種のキシレン）で結晶化し、この選択性を利用してこれらの炭化水素の分離に商業的に利用されてきた。
MOF-5、有機金属骨格の例：黄色の球はゲストキャビティを表す。
光感応性ケージド化合物は薬剤または試薬を放出する容器として検討されている。