クリプトコッカス属は約37種が認められていますが、現在、最新の手法で分類が見直されているところです。 大半の種は土壌中に生息し、人体には無害である。 非常に一般的な種としては、C. laurentiiとC. albidusがある。 すべての種の中で、C. neoformansはヒトと動物の主要な病原体である。 しかし、C. laurentiiとC. albidusは、免疫力の低下した患者（HIV感染、癌化学療法、代謝性免疫抑制など）において、中等度から重度の疾患、特に髄膜炎を引き起こすことが知られている
C. neoformans編集
C. neoformansは、医学的に最も著名な種である。 HIV/AIDS患者において、重症の髄膜炎および髄膜脳炎を引き起こすことが最もよく知られています。 また、臓器移植を受けた人や、ある種のがん治療を受けている人にも感染することがあります。 C. neoformansは、野鳥（多くはハト）の糞の中に存在し、その糞の塵をかき集めると、その塵を吸い込んだ人間やペットに感染することがあります。 感染したヒトや動物が他人に感染することはなく、非感染性である。 C. neoformansはニジェール寒天培地やバードシード寒天培地にプレーティングすると、メラニンを生成してコロニーが褐色になり、このメラニン生成は重要な病原性因子と考えられている。 C. neoformansは、病原性に関連するタンパク質成分を含む細胞外小胞を産生する。 9353>
本種の分類については、Cryptococcus neoformansとCryptococcus deneoformansの2種に分けることが提唱されている。
肺組織のCryptococcus属を示す野外染色
C. gattii 編集
C. gattii (旧 C. neoformans var gattii) はアフリカ大陸の熱帯地域とオーストラリアに生息する風土病である。 非免疫不全者に疾患（クリプトコックス症）を引き起こす可能性がある。 オーストラリアでは、ユーカリの木から分離されています。 1999年以降、一般にこの菌の風土病とは考えられていないバンクーバー島東部で、C. gattii感染症の集団発生が起こっている。 9353>
C. albidusEdit
C. albidusは、大気、ポルトガルの乾燥苔、ポルトガルのバッタ、結核性肺から分離されている。 マクロ的にはクリーム色から淡紅色のコロニーで，大部分はムコイド状の平滑なコロニーである。 一部，粗くしわの寄ったコロニーも見られるが，これは稀である。 本菌はC. neoformansと非常によく似ているが、フェノールオキシダーゼ陰性であること、Niger寒天培地やbirdseed寒天培地で培養すると、C. neoformansはメラニンを生成して細胞が褐色になるが、C. albidusはクリーム色のままなので区別が可能である。 顕微鏡で見ると、卵形をしており、墨汁で見ると莢膜（きょうまく）が見える。 また、本種は出芽によって繁殖する。 偽菌糸の形成は見られない。 C. albidusはグルコース、クエン酸、マルトース、スクロース、トレハロース、サリシン、セロビオース、イノシトール、その他多くの化合物を唯一の炭素源として利用することができる。 また、本種は硝酸カリウムを窒素源として利用することができる。 C. albidusは、Cryptococcus属によく見られるようにウレアーゼを産生する。 C. albidusは他のCryptococcus属や他の酵母属の種と非常に間違えやすいので、本種の同定を試みる前に最低7日間生育させる必要がある。
本種は水や植物中に最も頻繁に存在し、動物や人の皮膚にも存在するが、人の病原菌としては頻繁に存在しない。 C. albidusのヒトでの感染例はここ数年増加しており、AIDS、白血病、リンパ腫の患者など、免疫不全の患者において眼や全身に疾患を引き起こしている。 ヒトでは定期的に全身感染症が発見されるようになったが、動物ではまだ比較的まれである。
C. albidus var. albidusはC. albidusの変種で、ユニークとされてきた。 C. neoformansと異なる点は、ガラクトースではなくラクトースを同化する能力があることである。 また、この種の菌株は、最高温度が25〜37℃の範囲にあることも、ユニークな点とされている。 これは、van Udenのルール（特定の種の酵母株は、最高生育温度が5℃以上変化してはならない）に違反するため、重要である。 ただし、C. albidus var. albidusの株は37℃では生育できないという他の研究結果もあるため、この最高温度範囲が正確かどうかという議論も存在する。 また、C. albidus var. diffluensはC. neoformansと異なり、メリビオースを資化できるが、ガラクトースを資化できない。
C. uniguttulatus 編集
C. uniguttulatus (Filobasidium uniguttulatusはtelomorph)は非新形成のクリプトコックスとして初めてヒトを感染させた菌である。 脳外科手術を受けた患者の脳室液から分離された。 この種は最小阻害量のアムホテリシンBに非常に感受性があることが判明した。 本菌は，ヒトの爪から初めて分離された。