この勝利の結果、スパルタはアテネを破り、エーゲ海に独自の帝国を切り開こうとした。 ペルシャとの関係は悪化し、アナトリアのファルナバズスやティサフェルネスの王国を略奪するようになった。 紀元前397年、ファルナバズスはペルシャ王アルタクセルクセスを説得し、海戦を開始し、フェニキアとキプロスの船300隻からなる船団を編成した。
コノンはまず艦隊の一部を率いてカリアに移動し、そこで一時封鎖されたが、ファルナバズスとティサフェネスによって救出された。 その後、親スパルタの寡頭政治から民主政に移行したロードス島へ向かい、エジプトから送られてくる食糧を確保した。 これに対し、スパルタは海軍を派遣することにしたが、経験のないペイザンデルに任せたのが間違いであった。 戦いは紀元前394年、クニドゥスで行われ、ペルシャの楽勝で圧倒的な勝利を収めた。 エーゲ海の都市はスパルタの守備隊を追放し、ペルシャの支配を受け入れた。
この成功の後、コノンはアテネに戻ることが安全であると考えた。 ファルナバズスは彼に艦隊の一部を保持することを許可し、ピレウスの要塞化とアテネにつながる長い城壁の再建のための資金を供給した。 翌年、スパルタはペルシアと交渉を開始し、ギリシャでの地位を確保するために、アナトリアの全都市をペルシアに譲渡することを提案した。 アテネ人はコノンを含む代表団を送り、これを受け入れられないと発表した。ティリバズスは、彼らがまだ帝国の回復を望んでいると理解し、この裏返しに激怒して、コノンも含めて彼らを牢獄に放り込んだのであった。 コノンの最期について、古代の著者は相反する証言を残している。あるものは、彼がアジアの奥地に送られて殺されたと主張し、他のものは、おそらくより有力な証言として、彼がキプロスに引きこもってそこで死んだと記録している。 彼の息子ティモテウスは後に著名な将軍となった
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