Trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SMX) または Bactrim*, Septra*, または Cotrim* は、選択すべき治療法である。 免疫力のない成人の典型的なレジメンは、TMP 160mgとSMX 800mg（2倍の錠剤1つ）を1日2回、7〜10日間経口投与します。 2421>
TMP-SMXにアレルギーがある（あるいは耐性のない）患者に対する有効性の高い代替薬はまだ見つかっていない。 このような人に考慮すべきアプローチは、観察と対症療法、サイクロスポラに対する有効性が限られたデータに基づいている抗生物質の使用、またはTMP-SMXに対する減感作である。 後者の方法は、治療を必要とし、アレルギー専門医の評価を受け、生命を脅かすアレルギーがない、選ばれた患者にのみ考慮されるべきです。
逸話的または未発表のデータから、以下の薬剤は効果がないことが示唆されています：アルベンダゾール、トリメトプリム（単剤で使用する場合）、アジスロマイシン、ナリジクス酸、チニダゾール、メトロニダゾール、キナクリン、テトラサイクリン、ドキシサイクリン、フロ酸ジロキサニドなどです。 ハイチでのHIV感染患者を対象とした小規模な研究のデータでは、シプロフロキサシンがサイクロスポラに対して適度な活性を持つ可能性が示唆されていますが、多くの免疫不全者におけるかなりの逸話的経験では、シプロフロキサシンは効果がないことを示唆しています。
* 商号の使用は識別のためのもので、公衆衛生局または米国保健福祉省による推奨を意味するものではありません。