ジョンストンの最初の仕事は1968年のノエル・マーフィーとの共演で、アルバム『アナザー・ラウンド』で最初のアルバム・クレジットを獲得した。 1969年には、セッション・ミュージシャンとして定期的に仕事をするようになり、さまざまなジャンルの音楽を探求し、さまざまな楽器で実験するようになりました。 1970年、ライエル・トランター（アコースティックな英国フォーク・グループ、マグナ・カルタの2人のギタリストのうちの1人）がバンドを脱退すると、ジョンストンは彼の代わりにメンバーとして参加することになった。 1970年の『Seasons』を皮切りに、『Songs from Wasties Orchard』（1971年）（オックスフォードシャー州ロング・ハンボローに住んでいた通りにちなんで命名）や、『In Concert』というライブ・アルバムに参加。
マグナ・カルタ在籍中、ジョンストンはギター、マンドリン、シタール、ダルシマーなど幅広い楽器をプレイした。 また、この頃、プロデューサーのガス・ダジョンの目に留まり、ダジョンはジョンストンにバーニー・トーピンの1971年の同名のソロ・アルバムへの参加を依頼し、その結果、エルトン・ジョンと出会い、最終的にジョンストンはジョンの1971年のアルバム『マッドマン・アクロス・ザ・ウォーター』で演奏し、その後はエルトン・ジョンのバンドの正式メンバーとして招待されたのである。
ジョンストンがエルトン・ジョンのバンドの正式メンバーとして参加したデビュー・アルバムは『Honky Chateau』で、エレキギター、アコースティックギター、スライドギター、バンジョー、マンドリンを演奏し、マレーやオルソンと一緒にバッキングボーカルも歌っている。
1972年には、ジョーン・アマトレーディングとパム・ネスターのガス・ダジョンプロデュースのデビューアルバム「Whatever’s for Us」に参加し、いくつかのトラックでアコースティックとエレクトリックギターを、また「Visionary Mountains」という曲でシタールを演奏しています。
ジョンストンは1973年にロケット・レコード・カンパニーからソロ・アルバム『スマイリング・フェイス』を発表し、1977年には短命ながらチャイナというバンドを結成し、同名のアルバムをリリースしている。
1970年代後半から1980年代前半にかけて、スティーヴィー・ニックス、ミート・ローフ、アリス・クーパーといった他のアーティストと共演しながらも、ジョンストンはエルトンのプロジェクトからは決して離れておらず、1982年の「ジャンプ・アップ」ツアーでオリジナルのバンドメンバーであるナイジェル・オルソンとディー・マーレイとフルタイムで再会した後は、エルトン・ジョンのアルバムトラックやツアーから外れることはまずなかった。 1990年、ジョンストンは作詞家スティーブ・トゥルーデルと初めてコラボレーションを行い、音楽と歌詞を完成させた2人は、過去と現在のエルトン・ジョンのバンドメンバー、ナイジェル・オルソンのドラム、ボブ・バーチのベース、ガイ・バビロンのキーボード、そしてボーカリストとして、ワープスを結成する。 1991年、Warpipesは唯一のアルバム「Holes in the Heavens」をArtful Balance Recordsからリリースしました。 Artful Balance Recordsの解散に伴い、このアルバムはBridge Recordingsから再リリースされました。
1991年、ジョンストンはアディソン・スティールの「ストーミー・ブルー」をプロデュースし、ギター、マンドリン、シタール、バンジョーを演奏し、ボーカルも担当した。 共同プロデューサーのガイ・バビロンがキーボードのアレンジで参加し、ドラマーのナイジェル・オルソンとビリー・トゥルーデルがそれぞれパーカッションとボーカルを担当しています。
1996年、ジョンストンはStar Licks Productionsから「Star Licks Master Sessions」と題するギター教則ビデオを発表し、ヴォーカルのBilly TrudelとベースのBob Birchとともに、ジョンのさまざまな古典をプレイしている。
1997年、ジョンとのツアー中、ジョンストンと当時のエルトン・ジョンのバンド仲間で元ヘレキャスターズのギタリスト、ジョン・ジョーゲンソンはオフタイムの多くを費やして、1998年にリリースされたアコースティック楽器によるアルバム『Crop Circles』を制作した。 現在はギターの他にジョンの音楽監督を務め、ナイジェル・オルソンやジョン・メイホンとともに演奏している。2012年8月にバーチが亡くなる前はボブ・バーチとも共演した。
2014年にはスティービー・ニックスのアルバム『24 Karat Gold』から「Belle Fleur」と「If You Were My Love」で演奏している。 ソングス・フロム・ザ・ヴォルト」。 ニックスとは、1981年のアルバム『Bella Donna』の数曲でギターを弾いたときからの知り合いだ。
2019年10月1日、ジョンストンはサスカチュワン州サスカトゥーンのSaskTel Centreで行われた2回のFarewell Yellow Brick Roadツアーの最初の公演でエルトン・ジョンとの3000回目の公演を行った。