任期。 1654-1672
前任者同様、チャールズ・チャンシー（1592-1672）も宗教上の信念からトラブルに巻き込まれた。 しかし、チョーンシーは新大陸に到着する前にトラブルを起こしており、実際、1638年に移住を決意する一因となったと思われる。 些細なことで屁理屈をこねる傾向があり、「儀式に関する彼の優しい良心」のために、短い刑期を務めたこともあった。 (Samuel Eliot Morison)
このような不適合なエピソードにもかかわらず、チョーンシー大統領はヘンリー・ダンスターの敷いた道を歩み続けた。 チョーンシーの考え方は、宗教的正統性と科学的好奇心の双方を包含していた。 その一方で、彼は学生たちに宗教的な奉納を厳しく要求していた。 (モリソンは、「ハーバードの学生で、チョーンシー総長の教え子ほど多くの説教を聞いた世代はいなかっただろう」と述べている）。 一方、ガリレオの近代天文学の視点を支持し、就任して亡くなる直前に、カレッジは最初の望遠鏡を受け取った。 チョーンシーは当時のニューイングランドを代表する学者であり、おそらく植民地時代のハーバード大学の学長の中で最も学識のある人物であったと多くの人が評価している。 4192>
チョーンシーの時代には、アメリカ初の大学出版局がヤードで開花し、英語と先住民の言語の両方の資料を作成した。 (1662年、ハーバード大学の印刷機から出された不特定の書籍に反応し、大法廷と一般法廷はベイコロニー初の書籍検閲に関する法律を可決した)。 おそらく最も注目すべき出版物は、ジョン・エリオットがアルゴン語に翻訳した1,200ページの『インディアン・バイブル』（1663年）であろう。 インディアン・バイブルは、北米で初めて印刷された聖書であり、ほぼ2世紀にわたって使用され続けた。 この時期には、ハーバード大学初のネイティブ・アメリカンの卒業生も誕生しています。
尽きない不満のひとつは、チョーンシーの年俸100ポンドで、その多くが物品で支払われていたことである。 これはダンスターの年俸（平均55ポンド）よりは多かったが、チョウンシーの妻、8人の子供（チョウンシーの6人の息子は1651年に2人、1657年に1人、1661年に3人がハーバードを卒業）、3人の使用人にとっては十分とは言えなかった。 ボストンの植民地議会に様々な嘆願をしたが、チョーンシーは昇給に成功しなかった。
チョーンシーは1672年2月29日（当時イギリス植民者が使用していたユリウス暦では1671年2月19日）に在職中に死去した
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