以下の疾患の症状は、急性後期多巣性プラコイド色素上皮症の症状と似ていることがあります。 比較は鑑別診断に有用かもしれない：
びまん性片側亜急性神経網膜炎（DUSN）は、網膜外側と網膜色素上皮（RPE）を侵す進行性の寄生虫病である。 本症は主に片側性であるが、両側性の症例も存在する。 眼球の検査では、視力低下、硝子体細胞、視蓋の炎症と漏出、および一過性ではあるが再発する灰白色の網膜外層病変の作出が認められる。
網膜深部または網膜下空間に定常または移動性の寄生虫（線虫）が確認される。
多巣性脈絡膜症症候群は、網膜色素上皮（RPE）のレベルまたはその近傍で、眼の脈絡膜層の血管の炎症を伴うか伴わない大きな病理変化を伴う一群のまれな疾患である。 原因は明らかではありませんが、脈絡膜に栄養を送る血管の閉塞か、あるいはRPEそのものに向けられた免疫反応のどちらかであると考えられています。 これらの疾患の臨床的特徴は重複しており、多くの混乱を引き起こしています。
網膜色素変性症は、網膜の変性を引き起こす遺伝性疾患群の一つです。 網膜色素変性症のように網膜が変性すると、視力が低下し、時には失明することもあります。 初期症状としては、夜間や薄暗い場所での見えにくさがあります。 その後、徐々に視野が狭くなり、トンネル状に見えるようになります。 進行の速度と程度は極めて多様ですが、APMPPEが突然発症してRPが起こることはありません。 (この疾患の詳細については、希少疾病データベースの検索キーワードに「網膜色素変性症」を選択してください。)
Serpiginous choroiditisは、geographic helicoid peripapillary choroidopathyとも呼ばれ、内側の脈絡膜と網膜色素上皮を冒す稀で原因不明の（特発性の）炎症を起こす疾患です。 典型的な蛇行性脈絡膜炎は両側性に発症し、ほとんどの場合、進行性です。 7539>
白色点症候群は、網膜と脈絡膜を侵す特発性の多巣性炎症性疾患群です。 眼底に白い点が見えるのが特徴です。 白点症候群を構成する疾患には、急性後多巣性プラコイド色素上皮症（APMPPE）、蛇行性脈絡膜炎、多発性エバネッセント白点症候群（MEWDS）、多巣性脈絡膜炎および全周性炎（MCP）、点状内膜症（PIC）、びまん性網膜下繊維症（DSF）などがあります。 また、眼ヒストプラスマシス症候群（POHS）、鳥肌網脈絡膜症も白点症候群のひとつです。