子宮頸管は主に外部環境（腟管）と子宮の間の物理的バリアとして機能しています。 子宮頸管内を覆う細胞は酸性および中性のムチンを産生し、その中には電解質（主に塩化ナトリウム）と単糖（グリコーゲン）がコロイド溶液として含まれています。 この粘液は、膣口から子宮内への異物の通過を阻止する栓を形成します。 免疫グロブリン、酵素、白血球、剥離した扁平上皮細胞もこの粘液に捕捉され、さらに栓を強化し、粘液に殺菌力を加えています。
粘液栓は永久的なものではなく、ホルモンがその粘度を決定しています。 排卵時には、粘液はかなり薄くなり、細かいアセロラ網状のフィラメントで構成され、精子が膣から子宮、最終的には卵管へと通過しやすくなり、そこで受精が可能になります。
子宮頸管と子宮は柔軟な構造で、筋肉に加えて弾性繊維を含んでいます。 これは出産時に最も顕著で、子宮頸管は直径約10cmまで拡張し、胎児が腟内を通過できるようにします。
受精しなかった場合、子宮頸管の筋層が拡張して月経（内膜の破れたもの）を通過できるようにします。 この拡張は、一般に「生理痛」と呼ばれる痛みや不快感を引き起こすことが知られています。 子宮頸管のこうした生理的特徴はすべて、エストロゲンとプロゲステロンというホルモンの働きによって制御されています
。 子宮頸管の組織学的断面図（http://www.iupui.edu/~anatd502/Labs.f04/female%20reproduction%20lab/s81.f.jpg）
子宮頸管には2種類の上皮があり、外頸部には層状扁平上皮、内頸部と陰核には単純柱状（腺状）上皮があります
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