抗生物質
細菌感染により症状が悪化した場合（感染性増悪）、抗生物質による治療が必要です。
感染の原因となっている細菌の種類を調べるために痰のサンプルを採取しますが、検査結果が出るまでに数日かかるため、最初は多くの異なる細菌に効果があることが知られている抗生物質（広域抗生物質）で治療することになるでしょう。
検査の結果によっては、別の抗生物質が処方されたり、場合によっては、感染を引き起こしている特定の細菌に有効であることが知られている抗生物質を組み合わせて処方されることもあります。
症状が重い場合は、入院して抗生物質を注射して治療する必要があるかもしれません。
予防的治療
1年間に3回以上の感染性増悪がある場合や、感染性増悪時の症状が特にひどい場合は、抗生物質を長期的に服用することが推奨される場合があります。
これにより、さらなる感染を防ぎ、肺が回復する機会を得ることができます。
これには、副作用のリスクを最小限に抑えるために低用量の抗生物質錠剤を服用することや、抗生物質ネブライザーを使用することが考えられます。
このような方法で抗生物質を使用すると、1種類以上の細菌が抗生物質に対する耐性を獲得するリスクが高まります。 耐性菌の有無を確認するために、定期的に痰の採取をお願いすることがあります。
もし細菌が耐性を獲得する兆しを見せたら、抗生物質を変更する必要があるかもしれません。