最近の報告では、キューバークロコダイルの個体数は回復の兆しを見せており、サパタ沼の個体数は3000～6000頭と推測されている。 狩猟は1990年代から現在にかけて大幅に増加し、主に観光産業や地元での消費のために行われている。 交雑は長い間疑われてきたが、あまり理解されていない。 最近の遺伝学的研究は、野生で広範な交雑が起こっていることを示す証拠となっている。 飼育下の個体群は2つの地域（サパタ沼とラニア沼）に存在するが、これらの個体群でも雑種が強く疑われている。 これらの脅威はどちらも解決されていない。
本種はワシントン条約の付属書Iに記載されている。 また、飼育下繁殖プログラム、再導入、保護区などの直接的な保全措置がとられている。 違法な狩猟が続いているため、現在起きている個体数の減少速度を抑えるためにさらなる捕獲管理が必要である。
現存する両方の個体群が確実に保護されるように積極的な措置がとられているが、さらに重要な保護優先事項は別の野生個体群を確立することである
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