Brothersは扁桃体が社会的認知を支える神経ネットワークの重要な構成要素であると提唱している。 そしてBaumanとKemperは死後の自閉症脳の扁桃体に神経病理の徴候を観察した。 これらの知見に加え、最近の機能的神経画像データから、Baron-Cohenらは、自閉症の特徴である社会機能の障害には、部分的に扁桃体の機能不全が関与している可能性があると提唱している。 マカクザルの扁桃体病変の影響に関する我々の研究室の最近のデータは、社会的行動における扁桃体の基本的役割と食い違っている。 もし扁桃体が正常な社会的行動にとって不可欠でないなら、ヒト以外の霊長類や両側の扁桃体を損傷した選ばれた患者の両方においてそうであるように、扁桃体が自閉症の異常な社会的行動の基質である可能性はない。 しかし、扁桃体の損傷は、ヘビなど通常恐怖を引き起こす刺激に対するサルの反応に影響を及ぼし、新規の同胞と社会的相互作用を行うことに対する自然な抵抗感を取り除くことができる。 これらの結果から、扁桃体の重要な役割は、脅威の検出と適切な行動反応の発動にあり、その一部が恐怖であるという結論が導き出された。 もし自閉症の被験者の扁桃体が病的であれば、社会的行動の異常というよりも、むしろ異常な恐怖と不安の増大に寄与しているかもしれない。