Dopo essersi laureato in medicina alla Sorbona nel 1853 con una tesi di dottorato su varie forme di reumatismo articolare, Charcot lavorò prima come titolare di uno studio privato e dal 1848 come medico d’ospedale alla Salpêtrière, dove divenne medico capo nel 1862. Nel 1872 divenne professore ordinario di anatomia patologica all’Università di Parigi, dove pubblicò numerosi lavori sull’anatomia e la patologia del sistema nervoso. Nel 1882, la prima cattedra mondiale di malattie del sistema nervoso fu istituita per Charcot all’Hôpital de la Salpêtrière a Parigi.
Nel 1883, Charcot fu ammesso all’Académie des sciences. Dal 1888 al 1889 pubblicò le sue famose Leçons du mardi, in cui dimostrava casi clinici davanti a un auditorio internazionale di medici, giornalisti e scrittori.
Nessun altro scienziato del XIX secolo ebbe un’influenza così duratura sullo sviluppo della neurologia come Charcot. Nella seconda metà del XIX secolo, fece importanti scoperte in quasi tutti i settori della neurologia. Fu il primo a descrivere la sclerosi laterale amiotrofica e l’artropatia neurogena. Distingue anche la sclerosi multipla e il morbo di Parkinson come quadri clinici indipendenti.
Il 7 giugno 1884, con la mediazione dell’assistente di Charcot, Raymond Combret, membro della Società Teosofica di Parigi, ebbe luogo un incontro con Henry Steel Olcott della Società Teosofica alla Salpêtrière. Nei suoi ultimi anni, Charcot condusse soprattutto studi psicopatologici sull’isteria. Anche se alcune delle sue scoperte furono poi riviste, ebbero una grande influenza sullo sviluppo della psichiatria e sulla psicoanalisi del suo allievo Sigmund Freud. Fu l’uso clinico dell’ipnosi da parte di Charcot nel tentativo di trovare una causa organica per l’isteria che accese l’interesse di Freud per le cause psicologiche della nevrosi.
Freud studiò con Charcot alla Salpêtrière dall’agosto 1885. Mentre più tardi stabilì con successo la sua creazione, la psicoanalisi, come una scienza indipendente, si dimentica spesso che essa iniziò con lo studio dell’ipnosi di Charcot. Altre ricerche di Charcot sugli stati alterati di coscienza causati dalla trance ipnotica hanno generato altre discipline che erano meno in sintonia con lo zeitgeist materialista di quelle di Freud. Freud tradusse due libri di Charcot e li corredò di annotazioni critiche.
Charcot rappresentava la scienza dominante del XIX secolo, che aveva fatto i conti con l’ipnosi, e si preoccupava di trovare una spiegazione neurofisiologica ai sintomi che osservava. Cercò una spiegazione puramente materialista per cui le persone che potevano essere facilmente ipnotizzate potevano essere considerate come malati mentali, e per cui le fasi successive dell’ipnosi potevano essere rigorosamente classificate. Solo nel 1884 le sue ipotesi furono messe in discussione da Hippolyte Bernheim e Ambroise-Auguste Liébeault, che teorizzarono che lo stato ipnotico fosse prodotto dalla suggestione, cosa che fu poi dimostrata nella pratica medica di Liébeault. Si scopre che la convinzione di Charcot che l’ipnosi avesse cause patologiche derivava dal fatto che gli era capitato di lavorare prevalentemente con le isteriche alla Salpêtrière. Charcot ammise la sconfitta pochi mesi prima della sua morte proclamando in un articolo che le isteriche erano in principio facilmente soggette alla suggestione.
Charcot morì dopo il 1893 per un attacco di angina pectoris.
Jean-Martin Charcot, come medico artisticamente dotato fin dalla gioventù e interessato all’arte, raccolse rappresentazioni storiche dell’isteria. Introdusse anche la fotografia come metodo di documentazione clinica da un lato e come metodo didattico nell’insegnamento (proiezione di diapositive) dall’altro.
Le opere di Charcot sono descritte in dettaglio da Axel Munthe in Il libro di San Michele. C’è anche un resoconto dettagliato di Charcot nell’opera standard di Henri F. Ellenberger The Discovery of the Unconscious: History and Development of Dynamic Psychiatry from the Beginnings to Janet, Freud, Adler and Jung.
Altri famosi studenti di Charcot furono Georges Gilles de la Tourette, Joseph Babinski, Gheorghe Marinescu, Pierre Janet e Charles-Joseph Bouchard.