Il Journal of Biomedical Informatics riflette l’impegno verso articoli di ricerca originali di alta qualità, recensioni e commenti nell’area della metodologia informatica biomedica. Anche se pubblichiamo articoli motivati da applicazioni nelle scienze biomediche (per esempio, medicina clinica, assistenza sanitaria, salute della popolazione, e bioinformatica traslazionale), la rivista sottolinea i rapporti di nuove metodologie e tecniche che hanno applicabilità generale e che costituiscono la base per la scienza in evoluzione dell’informatica biomedica. Articoli su dispositivi medici; valutazioni di sistemi implementati (comprese le prove cliniche di tecnologie dell’informazione); o articoli che forniscono informazioni su un processo biologico, una malattia specifica, o opzioni di trattamento sarebbero generalmente più adatti per la pubblicazione in altre sedi. Gli articoli sulle applicazioni dell’elaborazione dei segnali e dell’analisi delle immagini sono spesso più adatti alle riviste di ingegneria biomedica o ad altre riviste di informatica, anche se pubblichiamo articoli che enfatizzano la gestione delle informazioni e i problemi di rappresentazione/modellazione della conoscenza che sorgono nella memorizzazione e nell’uso di segnali e immagini biologiche. Le descrizioni del sistema sono benvenute se illustrano e giustificano la metodologia sottostante che è l’obiettivo principale della relazione e uno sforzo è fatto per affrontare la generalizzabilità e/o la gamma di applicazione di tale metodologia. Si noti inoltre che, data la natura internazionale di JBI, i documenti che si occupano di lingue specifiche diverse dall’inglese, o di sistemi sanitari o approcci specifici del paese, sono accettabili per JBI solo se offrono lezioni generalizzabili che sono rilevanti per l’ampio pubblico di lettori JBI, indipendentemente dal loro paese, lingua, cultura o sistema sanitario.
Quali documenti sono appropriati per JBI?
Particolari che rispondono a un bisogno in medicina, non solo un comodo set di dati da analizzare con metodi innovativi, che potrebbero invece andare in una rivista di ingegneria.
Il coinvolgimento dei professionisti sanitari nella motivazione del lavoro e nella valutazione dei risultati è solitamente necessario.
Invitiamo gli autori JBI di articoli di ricerca originali a descrivere un lavoro come il seguente:
“Ho avuto un problema biomedico del mondo reale, ho provato tecniche esistenti ma non funzionavano. Così ho sviluppato una nuova metodologia e ho valutato la sua adeguatezza e l’ho confrontata con lo stato dell’arte nel mio dominio del mondo reale. Mi ha fatto pensare a quali altri problemi questo nuovo metodo potrebbe aiutare a risolvere. Mi sono riferito a questo nella Discussione e dimostro che ho una nuova metodologia generica che non è specifica per un dominio applicativo ristretto.”
“Anche se ho usato metodi di ML esistenti, ho creato e convalidato un ‘metodo di metodi’ che spiega come applicare i metodi esistenti a uno spazio di problemi biomedici che condividono caratteristiche uniche che influenzano la scelta dei metodi.”
Che cos’è l’informatica biomedica?
“L’informatica biomedica è il campo interdisciplinare che studia e persegue gli usi efficaci dei dati biomedici, delle informazioni e delle conoscenze per l’indagine scientifica, la risoluzione dei problemi e il processo decisionale, motivati dagli sforzi per migliorare la salute umana.”
C A Kulikowski et al, AMIA Board white paper: definizione di informatica biomedica e specificazione delle competenze di base per la formazione dei laureati in questa disciplina, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, n. 6, pp. 931-938, novembre 2012.
Quali aree dell’informatica biomedica sono fuori dall’ambito della JBI?
I documenti sull’elaborazione dei segnali, l’imaging, i dispositivi medici, le reti di comunicazione, la sicurezza sono solitamente fuori dall’ambito della JBI; anche i documenti di bioinformatica/modellazione delle malattie potrebbero essere fuori dall’ambito. Per essere considerati per JBI, tutti questi articoli devono introdurre nuovi metodi informatici che si basano su una profonda comprensione e utilizzo della conoscenza del dominio medico e dovrebbero essere traducibili in applicazioni mediche. Esempi di articoli che non andranno bene sono quelli che predicono la struttura delle sequenze di DNA (non traslazionali) o articoli di modellazione della trasmissione delle malattie che non dimostrano una comprensione e un utilizzo dell’epidemiologia delle malattie infettive o che non sono applicabili nella pratica.
I metodi su cui si concentrano gli articoli di JBI possono essere tratti da una qualsiasi delle numerose scienze componenti il campo dell’informatica biomedica. Anche se i metodi sono spesso legati al campo dell’informatica, molti articoli di JBI enfatizzeranno tecniche innovative da altri campi, come la scienza delle decisioni, la statistica, la scienza cognitiva, la psicologia, la scienza dell’informazione, la teoria organizzativa, o la scienza del management.
Se stai considerando il tuo articolo di bioinformatica da inviare a JBI, sii consapevole di questo focus metodologico. Le scoperte biologiche basate sull’uso di tecniche informatiche di routine possono essere importanti contributi biologici ma non sono adatte a JBI. Inoltre, si prega di notare che JBI pubblica articoli di bioinformatica solo se trattano questioni di scienza traslazionale (umana). Vedi l’editoriale di bioinformatica traslazionale che tratta questo argomento prima di inviare il tuo articolo.
Gli articoli sulla privacy biomedica o sulla sicurezza devono anche offrire metodologie nuove e pratiche che siano chiaramente motivate dalle sfide dell’assistenza sanitaria e della biomedicina. Un metodo stabilito da un altro campo non garantisce la ripubblicazione in JBI semplicemente perché è stato applicato ad un problema biomedico. Cerchiamo anche articoli che descrivono sostanziali novità metodologiche piuttosto che piccoli miglioramenti incrementali su tecniche precedentemente pubblicate. Vedi il nostro editoriale su Privacy e Sicurezza per maggiori dettagli sulle nostre politiche per articoli accettabili in quest’area.
Generalmente gli articoli sono di sette tipi:
1. Articoli di ricerca regolari: Presentazione e discussione di un sistema o approccio biomedico o clinico motivato che ha richiesto lo sviluppo di metodi innovativi piuttosto che l’applicazione di tecniche consolidate. Applicazioni motivanti possono essere discusse, ma il nuovo metodo dovrebbe essere discusso in modo che la generalizzabilità sia chiara, idealmente con una valutazione della sua gamma di applicabilità. Si prega di scegliere il tipo di articolo “Research Paper” durante il processo di presentazione.
2. Articoli di revisione metodologica: Recensioni di un approccio metodologico che riassumono la sua introduzione, l’uso, i successi e i limiti. Tali revisioni spesso proporranno anche direzioni di ricerca future o criticheranno un metodo e discuteranno la gamma di problemi per i quali potrebbe non essere una soluzione appropriata. Si noti che tali recensioni dovrebbero concentrarsi su un metodo o un approccio, non su uno specifico dominio di applicazione (ad esempio, evitare di presentare recensioni come “Computers in Diabetes Management”). Si prega di scegliere il tipo di articolo “Review article” durante il processo di presentazione.
3. Commentari: Questi sono articoli, generalmente più brevi dei documenti di ricerca, che tendono a discutere articoli pubblicati in precedenza o un tema che è un’importante area di attenzione per la base metodologica della ricerca informatica biomedica e la sua applicazione. I commenti sono spesso invitati, ma possono essere presentati da chiunque dopo una discussione con i redattori. Se la presentazione di un commento viene presa in considerazione, si prega di inviare una breve proposta a [email protected] in anticipo. Se la presentazione di un commento è stata sollecitata, o approvata dall’editore, si prega di scegliere il tipo di articolo “Discussioni” durante il processo di presentazione e specificare nella lettera di accompagnamento che il manoscritto è inteso come un commento.
4. Comunicazioni speciali: Questi sono articoli che affrontano un problema di ampio interesse per la comunità di ricerca informatica orientata alla metodologia. Possono riportare i risultati di workshop o studi di ricerca, offrendo generalmente lezioni o indicazioni che saranno utili ad altri. Tali articoli non devono necessariamente riferire su nuove metodologie informatiche innovative. Se viene presa in considerazione la presentazione di una comunicazione speciale, si prega di presentare in anticipo una breve proposta a [email protected]. Se la presentazione di una comunicazione speciale è stata approvata dall’editore, si prega di scegliere il tipo di articolo “Discussion” durante il processo di presentazione e specificare nella lettera di accompagnamento che il manoscritto è inteso come una comunicazione speciale.
5. Lettere all’editore: Le lettere possono essere presentate e saranno prese in considerazione per una possibile pubblicazione nella rivista. Di solito commentano un articolo precedentemente pubblicato. Si prega di scegliere il tipo di articolo “Corrispondenza” durante il processo di invio.
6. Recensioni di libri: I redattori occasionalmente identificheranno un nuovo libro che potrebbe essere di interesse per i lettori di JBI. Essi inviteranno persone a scrivere recensioni di questi volumi, e tali invii sono solo su invito. Le recensioni di libri non richieste non saranno prese in considerazione. Si prega di scegliere il tipo di articolo “Book review” durante il processo di presentazione.
7. Editoriali: I redattori o i loro invitati pubblicheranno occasionalmente editoriali, ma gli editoriali non richiesti non saranno considerati. Si prega di scegliere il tipo di articolo “Editoriale” durante il processo di presentazione.
Quando un autore sta presentando un manoscritto in risposta ad un call for papers per un numero tematico speciale, la categoria di presentazione dovrebbe essere il titolo del numero speciale ma la lettera di accompagnamento dovrebbe indicare se l’articolo è una revisione metodologica, un articolo regolare, o un commento.
Altro background per la revisione prima di presentare un articolo
Il Journal of Biomedical Informatics (JBI), pubblicato da Academic Press nel 1968 con il titolo Computers and Biomedical Research (CBR), è stato riprogettato e rinominato a partire dal Volume 34 nel 2001. Costruendo su una solida storia di 33 anni da quando CBR ha debuttato nel 1968, abbiamo fatto una serie di cambiamenti per aggiornare e riorientare la rivista alla luce dell’evoluzione del campo, cercando contemporaneamente di riempire una nicchia non chiaramente identificata come obiettivo centrale dalle altre riviste che pubblicano articoli nella ricerca informatica biomedica. Abbiamo dichiarato questo obiettivo come segue nel nostro editoriale inaugurale:
“È sempre più difficile pubblicare articoli che abbiano un ampio appeal per un pubblico di lettori diversi. Abbiamo di conseguenza deciso che è importante introdurre un focus più stretto per la rivista negli anni a venire, ed è con questo in mente che abbiamo rinominato la rivista per riflettere un’enfasi più moderna e stretta. Il Journal of Biomedical Informatics (JBI) è destinato a completare piuttosto che a competere con le altre principali riviste di informatica biomedica. In particolare, vogliamo enfatizzare i documenti che chiariscono le metodologie che si generalizzano attraverso i domini biomedici e che aiutano a formare la base scientifica per il campo. Gli articoli tenderanno a riguardare la tecnologia dell’informazione piuttosto che i dispositivi medici, e i metodi sottostanti piuttosto che le descrizioni dei sistemi o le valutazioni sommative. Dovreste aspettarvi che questa rivista sia un’eccellente fonte di nuove idee su come affrontare problemi difficili che sorgono nello sviluppo di soluzioni computazionali a problemi nelle scienze biomediche e nella pratica clinica.”
Con quasi due decenni di pubblicazione sotto il titolo JBI, siamo lieti del successo della rivista. Ha una reputazione di eccellenza e rigore e speriamo che i nostri lettori e gli autori pubblicati siano ugualmente impressionati dalla qualità sia del lavoro che della scrittura che abbiamo attratto in queste pagine.
JBI cerca di pubblicare articoli che diano un contributo concettuale al campo, tipicamente descrivendo un’innovazione nella metodologia o nella tecnica o discutendo lezioni sostanziali generalizzabili che sono state apprese nel contesto di un interessante progetto informatico. Quando un contributo ha una base teorica, anche la teoria è un’enfasi appropriata per l’esposizione. Nella nostra esperienza, molti progetti di ricerca che iniziano come sforzi applicativi risultano in un’innovazione metodologica che, adeguatamente descritta, contribuisce alla base scientifica della nostra disciplina. Quindi non stiamo scoraggiando i contributi che discutono applicazioni interessanti ma, piuttosto, incoraggiamo una prospettiva su come meglio scrivere e condividere intuizioni metodologiche generalizzabili che derivano dal lavoro applicato e da cui altri possono trarre beneficio. Crediamo che tali articoli formino il nucleo dell’informatica biomedica come scienza.
Ci sono state cinque ragioni principali per restituire gli articoli senza revisione. Forse il più comune si verifica quando un articolo è principalmente una descrizione di un’applicazione informatica o la sua valutazione. Un nuovo sistema clinico che affronta un importante problema clinico, ma che non offre una nuova metodologia, sarebbe più appropriato per un’altra rivista, o in informatica applicata o nel dominio clinico di applicazione. Allo stesso modo, studi su sondaggi/questionari o analisi dei bisogni degli utenti sono probabilmente adatti a JBI solo se contribuiscono a nuovi metodi per eseguire tali studi o analisi, o nuove intuizioni sul comportamento dell’utente, sulla scienza cognitiva o sull’interazione uomo-computer.
Un secondo motivo per restituire articoli senza revisione si verifica quando un articolo non ha a che fare con le nozioni fondamentali dell’informatica di gestione delle informazioni e della conoscenza. Più comunemente questo accade quando un articolo presenta un nuovo dispositivo medico o un approccio al segnale biomedico o all’elaborazione delle immagini, specialmente quando l’enfasi è sui metodi numerici o sul monitoraggio fisiologico piuttosto che sull’elaborazione e gestione delle informazioni o sugli approcci basati sulla conoscenza. Generalmente rimandiamo tali articoli a riviste di ingegneria biomedica o a riviste cliniche nel dominio di applicazione (ad es, una rivista di cardiologia per nuovi approcci all’analisi dell’elettrocardiogramma, o una rivista di imaging per un nuovo approccio matematico alla segmentazione o altri aspetti dell’analisi delle immagini).
In terzo luogo, poiché il campo dell’informatica biomedica è motivato in tutte le applicazioni ad avere un impatto positivo sulla salute umana o sul trattamento delle malattie umane, i documenti bioinformatici presentati a JBI dovrebbero essere nell’area della bioinformatica traslazionale (TBI). Di routine rifiutiamo articoli senza revisione se si occupano di soluzioni bioinformatiche di base che sono ampiamente applicabili (ad esempio, metodi analitici per microarray), ma non sono specificamente motivati dalla salute umana o dalla malattia. Di conseguenza non pubblichiamo articoli che trattano di bioinformatica vegetale o animale o metodi di genomica specificamente per l’uso in agricoltura o zoologia.
In quarto luogo, usiamo un software di supporto per valutare ogni presentazione a JBI, cercando di vedere se ci sono prove di riutilizzo significativo del testo da altri articoli pubblicati. In alcuni casi, le pubblicazioni precedenti non sono nemmeno citate nel nuovo documento. Indipendentemente dal fatto che gli autori di un manoscritto siano anche gli autori di un articolo da cui il testo è stato riutilizzato, generalmente rifiutiamo di revisionare articoli che hanno una significativa sovrapposizione con altre pubblicazioni. Non solo tali pratiche portano a preoccupazioni di plagio (o auto-plagio), ma sollevano anche domande sulla novità del lavoro presentato nel nuovo manoscritto. Ci aspettiamo che tutti i lavori siano scritti de novo e chiediamo che i manoscritti (e la lettera di accompagnamento) chiariscano come il nuovo lavoro si basa, migliora o supera le capacità del lavoro precedentemente pubblicato.
Infine, sebbene JBI sia una rivista internazionale e comprendiamo le sfide che gli autori devono affrontare quando l’inglese non è la loro lingua madre, alcuni articoli hanno problemi così gravi con la loro esposizione in inglese che li rifiutiamo o li restituiamo per la revisione, suggerendo il coinvolgimento di un editore o coautore esperto in inglese prima che l’articolo possa essere giudicato adatto per l’ingresso nel processo di revisione scientifica. Problemi minori con la lingua possono essere corretti nel processo editoriale, ma problemi più gravi impediscono una valutazione adeguata del contributo scientifico.
Di quei documenti che sono andati in revisione, il nostro tasso di accettazione finale è ora circa il 25%. Ogni articolo pubblicato è stato accettato solo dopo revisioni significative, quindi gli autori non dovrebbero essere sorpresi quando sono richieste revisioni prima che un articolo sia pronto per la pubblicazione. Crediamo, tuttavia, che il rigore che abbiamo introdotto nel processo di revisione e revisione abbia portato ad un prodotto migliore e scientificamente più utile. Per esempio, il feedback aneddotico, così come le citazioni e i dati di download, suggeriscono che le revisioni metodologiche incluse in quasi ogni numero sono state ampiamente utilizzate per scopi educativi e di studio.
Abbiamo ricevuto un numero crescente di articoli presentati in ogni anno dalla transizione da CBR a JBI. Nel nostro primo anno abbiamo ricevuto circa 100 manoscritti, ma ora riceviamo ben oltre 800 articoli all’anno. Di conseguenza, la rivista è cresciuta in dimensioni, con più articoli per numero. Dedichiamo anche due o tre numeri all’anno ad argomenti metodologici speciali, supervisionati da redattori ospiti che ci propongono tali questioni speciali. Gli articoli accettati sono immediatamente resi disponibili online e sono indicizzati in Medline. Appaiono subito dopo in un numero “virtuale” compilato su ScienceDirect. Dal 2016 abbiamo smesso di produrre una versione cartacea di JBI, avendo imparato che la grande preponderanza di accesso alla rivista è attraverso Internet e ScienceDirect. Le copie cartacee dei numeri completi sono disponibili da Elsevier attraverso i servizi di Print on Demand. Gli articoli possono essere pubblicati in open-access per una tassa pagata dagli autori, ma altrimenti sono disponibili solo per gli abbonati per i primi 12 mesi dopo la pubblicazione. In seguito sono aperti all’accesso libero nel nostro archivio aperto ScienceDirect. Poiché la rivista è prodotta solo online, non vi è alcun limite o addebito per quanto riguarda l’uso del colore nelle figure o nelle fotografie nei manoscritti presentati.
Ti incoraggiamo a presentare il tuo miglior lavoro metodologico a JBI. Tenete a mente che forniamo opportunità per la discussione approfondita di un approccio innovativo, come giudicato dai nostri revisori così come dai redattori, e abbiamo evitato qualsiasi limite arbitrario sul numero di parole o altre metriche riguardanti la lunghezza dei singoli articoli. Incoraggiamo anche gli articoli che descrivono il lavoro di tesi di dottorato, e sottolineiamo che le ampie revisioni di argomenti intraprese in un documento di tesi spesso possono essere adattate per sviluppare un articolo di revisione metodologica che è adatto per JBI. La rivista inoltre non ha costi di pagina e può includere componenti multimediali per gli articoli nell’ambiente online.
L’informatica biomedica è un campo fiorente, con importanti applicazioni e implicazioni in tutto il mondo biomedico e clinico. Siamo desiderosi che la comunità di ricerca identifichi costantemente JBI come la rivista che meglio definisce la base scientifica del campo. Di conseguenza invitiamo sia i vostri contributi che i vostri lettori.
Mor Peleg
Editor-in-Chief
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