La ristrutturazione biennale del Babylon è iniziata nel 1999. È costato dieci milioni di marchi ed è stato finanziato principalmente dal governo tedesco. I fondi di sviluppo della lotteria di due milioni di euro sono stati dati per i posti a sedere e le attrezzature tecniche. Il tetto e il soffitto del grande auditorium sono stati rinnovati. I travetti di legno nel soffitto, che non erano più in grado di sostenere il peso, furono sostituiti da travi di acciaio e un nuovo tetto fu eretto sopra di essi. Anche la facciata dell’edificio fu restaurata.
Lo scopo del restauro non era quello di riportare l’edificio a come appariva in un particolare momento, ma di mantenere vari elementi di tutta la storia dell’edificio. Il foyer è stato riportato a com’era quando l’edificio fu aperto nel 1928 e l’auditorium è stato rinnovato allo stile del 1948, con posti a sedere lussuosi e dettagli in stucco e dorati. L’edificio era originariamente usato sia come cinema che come teatro e quindi aveva un’area di back stage dietro lo schermo. Qui è stato costruito un nuovo auditorium più piccolo come parte del restauro. La fossa dell’orchestra dell’auditorium grande è stata restaurata, in modo che un’orchestra da camera possa suonare musica dal vivo durante le proiezioni di film muti. Nel 1999, l’organo cinematografico di J. D. Philipps, vecchio di 70 anni, è stato restaurato. È l’unico organo cinematografico in Germania che viene ancora suonato nella sua sede originale.
Nel maggio 2001 la riapertura dell’auditorium ha avuto luogo con il film Othello di Orson Welles. Nel 2002 l’associazione “Berlin film art Babylon” ha ricevuto l'”Emisfero d’argento” dalla Fondazione tedesca per la protezione dei monumenti. Gli architetti Joachim Roemer e Klaus Meyer-Rogge sono stati premiati per aver salvato un “edificio chiave dell’architettura cinematografica”.
Il Babylon è una sede del Festival Internazionale del Cinema di Berlino (Berlinale). L’organo cinematografico restaurato è stato rilanciato il 26 maggio 2001 in occasione della proiezione di The Golem: How He Came into the World. Questo è stato seguito da una serie di concerti di film muti con il pianista Stephan von Bothmer.
Nel 2009 alcuni dipendenti, che erano membri del sindacato anarco-sindacalista Free Workers’ Union (FAU), hanno chiesto salari più alti e migliori condizioni di lavoro. Alla fine di luglio 2009 la sezione berlinese della FAU ha chiesto il boicottaggio del cinema. Il sindacato Ver.di ha firmato un contratto collettivo con i dipendenti a partire dal 1° gennaio 2010. Nel 2009 il gestore del cinema ha avviato una controversia legale con la FAU, riguardo al suo diritto di designarsi come sindacato. Nell’ottobre 2009, il tribunale del lavoro di Berlino-Brandeburgo ha deciso che la FAU aveva il diritto di negoziare accordi salariali. Un’ingiunzione temporanea, imposta dall’alta corte di Berlino nel dicembre 2009, ha vietato alla FAU di Berlino di definirsi un sindacato fino a nuovo ordine. Questo è stato annullato dalla Corte Suprema nel giugno 2010.