Recenti rapporti hanno indicato che i numeri della popolazione del coccodrillo cubano stanno mostrando segni di recupero; la popolazione nella palude di Zapata è stimata tra i 3.000 e i 6.000 individui.
Sono due le minacce principali: la caccia e l’ibridazione, specialmente con il coccodrillo americano, che limita il pool genetico puro di questa specie. La caccia è aumentata notevolmente dagli anni ’90 ad oggi e serve principalmente all’industria del turismo o al consumo locale. L’ibridazione è stata a lungo sospettata ma poco compresa. Recenti studi genetici forniscono la prova che l’ibridazione estesa sta avvenendo in natura. Una popolazione in cattività è presente in due aree (nella palude Zapata e nella palude Lanier) ma si sospettano fortemente animali ibridi anche in queste popolazioni. Nessuna di queste minacce è stata risolta.
Questa specie è elencata nell’appendice I della CITES. Esistono anche misure dirette di conservazione, inclusi programmi di riproduzione in cattività, reintroduzioni e aree protette. La caccia illegale continua a verificarsi; pertanto è necessaria un’ulteriore gestione del raccolto per ridurre il tasso di declino della popolazione attualmente in corso.
Sono in corso misure attive per garantire che entrambe le popolazioni esistenti rimangano ben protette, ma un’altra importante priorità di conservazione è la creazione di una popolazione selvatica alternativa.
Sono in corso misure attive per garantire che entrambe le popolazioni esistenti rimangano ben protette.