As relações filogenéticas do género Anguis lagarto sem pernas do Paleolítico Ocidental foram inferidas com base num fragmento de ADN mitocondrial e dois loci codificadores de proteínas nucleares, C-mos e PRLR. A. cephallonica do Peloponeso foi confirmada como uma espécie válida. É o táxon irmão de um clade que compreende todas as outras linhagens evolutivas, que se mostrou representar três espécies distintas: (1) A. fragilis sensu stricto ocorrendo na Europa Ocidental e Central, nos Balcãs noroeste, com populações possivelmente isoladas nos Balcãs orientais, e presumivelmente também na Escandinávia ocidental e Itália; (2) A. colchica distribuída da República Checa oriental e da região báltica para o leste ao norte do Irã, presumivelmente também na Escandinávia oriental, e no nordeste dos Balcãs; (3) A. graeca restrita aos Balcãs meridionais, e parcialmente simpática à A. cephallonica. De acordo com o marcador mitocondrial mais variável, A. graeca parece ser a espécie irmã de A. colchica, e estes taxa juntos formam um clade irmão de A. fragilis, enquanto os marcadores nucleares menos variáveis mostram que A. colchica está mais próxima de A. fragilis. O gene C-mos não forneceu variação substancial dentro deste complexo de espécies, enquanto o gene PRLR, que foi usado pela primeira vez no estudo filogeográfico de um réptil, distinguiu todas as espécies com sucesso. A diferenciação intra-específica de A. colchica é discutida, e é proposto o status subespecífico das populações caucasianas e cáspias. As diferenças genéticas descobertas devem ser tidas em conta em todos os futuros estudos biogeográficos, morfológicos e ecológicos, assim como na conservação.