Brothers a propus că amigdala este o componentă importantă a rețelei neuronale care stă la baza cogniției sociale. Iar Bauman și Kemper au observat semne de neuropatologie în amigdala din creierul autist post-mortem. Aceste constatări, în plus față de datele recente de neuroimagistică funcțională, i-au determinat pe Baron-Cohen și colegii săi să propună că disfuncția amigdalei poate fi responsabilă, în parte, de afectarea funcționării sociale, care este o trăsătură distinctivă a autismului. Datele recente din studiile efectuate în laboratorul nostru cu privire la efectele leziunilor amigdalei la maimuța macac sunt în contradicție cu un rol fundamental al amigdalei în comportamentul social. Dacă amigdala nu este esențială pentru comportamentul social normal, așa cum pare a fi cazul atât la primatele neumane, cât și la pacienții selectați cu leziuni bilaterale ale amigdalei, atunci este puțin probabil ca aceasta să fie substratul comportamentului social anormal al autismului. Cu toate acestea, afectarea amigdalei are un efect asupra răspunsului unei maimuțe la stimuli care, în mod normal, induc frica, cum ar fi șerpii, și înlătură reticența naturală de a se angaja în interacțiuni sociale cu noi conspecifici. Aceste constatări duc la concluzia că un rol important al amigdalei este în detectarea amenințărilor și mobilizarea unui răspuns comportamental adecvat, din care o parte este frica. În cazul în care amigdala este patologică la subiecții cu autism, aceasta poate contribui la temerile lor anormale și la anxietatea crescută, mai degrabă decât la comportamentul lor social anormal.