Asociația a fost fondată sub numele de Asociația Americană pentru Progresul Osteopatiei la 19 aprilie 1897, în Kirksville, Missouri, de către studenți ai Școlii Americane de Osteopatie, în special Andrew Taylor Still. A fost redenumită Asociația Americană de Osteopatie în 1901.
În septembrie 1901, AOA a început să publice o revistă științifică intitulată Journal of the American Osteopathic Association. Abonamentele au fost oferite membrilor AOA, iar la acea vreme, taxele de membru erau de 5 dolari pe an. Revista a fost publicată bilunar în primul an, apoi lunar după aceea. În 1903, AOA a efectuat primul studiu de acreditare a școlilor de medicină osteopatică. Trei ani mai târziu, Asociația Medicală Americană a efectuat primul sondaj de acreditare a școlilor de medicină din SUA care acordă MD. În aprilie 1927, AOA a început să publice The Forum of Osteopathy, o revistă lunară care cuprindea știri referitoare la medicina osteopatică, la AOA și la grupurile conexe. În septembrie 1960, revista a fost redenumită The DO.
La începutul anilor 1900, AOA, invocând preocupări legate de siguranță și eficacitate, s-a opus introducerii farmacologiei în programul de studii al medicinei osteopatice. Cu toate acestea, în 1929, consiliul de administrație al AOA a votat pentru a permite predarea farmacologiei în școlile de O.D.. În 1938, AOA a început să ceară ca studenții la medicină osteopatică să aibă cel puțin un an de cursuri universitare de licență, iar în 1940, AOA a cerut doi ani. În 1943, AOA a fondat Healthcare Facilities Accreditation Program (HFAP), o organizație care acreditează spitalele și alte facilități de îngrijire a sănătății.
În 1957, Departamentul de Sănătate, Educație și Asistență Socială al SUA a recunoscut AOA ca organism oficial de acreditare pentru educația medicală osteopatică. În 1967, National Commission on Accrediting (în prezent Council for Higher Education Accreditation) a recunoscut AOA ca organism oficial de acreditare pentru toate aspectele educației medicale osteopatice. În 1966, Departamentul de Sănătate, Educație și Bunăstare (în prezent, Departamentul de Sănătate și Servicii Umane) a recunoscut AOA ca organism oficial de acreditare pentru spitalele osteopatice din cadrul Medicare. În octombrie 2015, AOA a vândut Healthcare Facilities Accreditation Program către Accreditation Association for Hospitals/Health Systems.
În 2016, un grup de medici de medicină dentară a intentat un proces antitrust împotriva AOA (Talone et al v. The American Osteopathic Association), contestând cerința ca medicii să achiziționeze calitatea de membru AOA ca o condiție pentru certificarea în cadrul consiliului AOA. În 2018, AOA și medicii au ajuns la o înțelegere de 35 de milioane de dolari. Ca parte a înțelegerii, AOA a fost de acord să pună capăt politicii sale de a solicita medicilor să cumpere calitatea de membru AOA pentru a primi certificarea consiliului AOA. Înțelegerea a fost finalizată în 2019.
În 2021, AOA a intentat un proces împotriva American Board of Internal Medicine (ABIM). Procesul a fost îndreptat împotriva politicii ABIM care cere directorilor de program să fie certificați de către ABIM pentru ca absolvenții acelei rezidențe să fie eligibili pentru certificarea ABIM.
A AOA susține anual „Ziua D.O. la Capitol Hill”, în cadrul căreia peste 1.000 de medici osteopați (D.O.) și studenți la medicină osteopatică merg la Washington, D.C. pentru a se întâlni cu membrii Congresului pentru a discuta problemele actuale din domeniul sănătății, cum ar fi provocările legate de accesul la asistență medicală. Evenimentul servește ca o oportunitate pentru legiuitori de a afla mai multe despre îngrijirea sănătății și medicina osteopatică și pentru studenții la medicină de a se familiariza mai bine cu procesul politic.
.