În 1831, părintele Patrick O’Kelly a sosit pentru a sluji coloniștilor irlandezi din zona Washtenaw. Prima Liturghie din Ann Arbor a fost rostită într-o casă particulară la 12 iulie 1835, iar în acel an au început eforturile pentru ridicarea unei biserici permanente. Succesorul său, părintele Thomas Cullen, a cumpărat un teren pe East Kingsley Street, lângă Division Street, în 1842, iar prima biserică a fost construită pe acest teren – prima biserică din cărămidă din Ann Arbor. Nu a fost sfințită până în 1845, deoarece episcopul Lefevre nu sfințea bisericile până când acestea nu erau libere de datorii.
Cimitirul bisericii, pe North Main Street, a fost achiziționat în 1843, dar nu a fost sfințit până în 1878. În 1868, parohia a achiziționat o fostă școală publică în josul străzii și a deschis școala sa parohială, Școala Sfântul Apostol Toma, care și-a sărbătorit sesquicentenarul în 2018.
Părintele Edward D. Kelly a devenit pastor în 1891, și a constatat că biserica existentă era inadecvată pentru nevoile parohiei. El a început să strângă fonduri în 1896 pentru actuala biserică, care a fost dedicată în 1899 și finalizată în 1905. Rectoratul din cărămidă galbenă a fost finalizat în 1902, iar o mănăstire pentru Surorile Inimii Imaculate a Mariei pe Elizabeth Street în 1911. De-a lungul anilor, parohia a sponsorizat primul spital din Ann Arbor, precum și alte două parohii catolice.
În 1977, clasele de la 9 la 12 au fost separate de Școala Sfântul Apostol Toma și au devenit Liceul Catolic Părintele Gabriel Richard, o instituție independentă. care s-a mutat într-un nou campus în 2003.
.