Ce este ascertainment bias și cum se referă la calculul frecvențelor SNP?
Ascertainment bias este un termen în genetica populațiilor care descrie abaterile sistematice de la un rezultat teoretic așteptat, atribuibile proceselor de eșantionare utilizate pentru a găsi (constata) SNP-uri și a măsura (estima) frecvențele alelelor specifice populației acestora.
Distribuția frecvenței alelelor „derivate” ale SNP variază în natură de la 1/2N (adică, un cromozom mutant în întregul fond genetic al speciei), până la 2N-1/2N (adică doar un singur cromozom rămas în fondul genetic al speciei pentru a reprezenta starea alelică „ancestrală”; toți ceilalți cromozomi au alela derivată). Cu toate acestea, această distribuție este măsurată în mod imperfect atunci când se extrag subeșantioane finite din populație. Cu cât eșantionul finit utilizat în procesul nostru de detectare (eșantionare) a SNP-urilor este mai mic, cu atât mai „imperfectă” este potrivirea dintre distribuția frecvențelor alelelor derivate și distribuția „adevărată” din natură. Iată un grafic care ilustrează această distorsiune:
Modificat din Fig.2, Ref. (1).
Dacă SNP-urile din dbSNP sunt constatate în eșantioane de câțiva cromozomi, atunci o fracțiune din aceste SNP-uri vor fi excesiv de frecvente în populație în raport cu eșantioane potențial mai mari ale aceleiași secvențe genomice.
Validarea experimentală înseamnă, de obicei, observarea SNP-ului în eșantioane suplimentare care nu au legătură cu setul inițial de cromozomi cercetați pentru a defini SNP-ul. Prin urmare, SNP-urile comune vor „valida” cu o rată mai mare decât SNP-urile cu o alelă minoră cu adevărat rară, deoarece sunt necesare eșantioane mai mari pentru a recaptura (și, prin urmare, pentru a confirma) variația rară. Deoarece toate eșantioanele utilizate pentru a constata (descoperi) SNP-uri sau pentru a estima frecvențele alelelor acestora în eșantioane de populație specifice au o dimensiune finită, va exista un anumit tip de părtinire de constatare în fiecare lot de date transmise către dbSNP.
.