Cladogeneza este o scindare evolutivă a unei specii-mamă în două specii distincte, formând o cladă.
Acest eveniment are loc, de obicei, atunci când câteva organisme ajung în zone noi, adesea îndepărtate, sau atunci când schimbările de mediu provoacă mai multe extincții, deschizând nișe ecologice pentru supraviețuitori și provocând gâtuiri ale populației și efecte fondatoare care schimbă frecvențele alelelor populațiilor divergente în comparație cu populația lor ancestrală. Evenimentele care au dus la separarea inițială a acestor specii în zone îndepărtate pot permite ca ambele specii să aibă șanse egale de a supraviețui, de a se reproduce și chiar de a evolua pentru a se adapta mai bine la mediul în care trăiesc, rămânând în același timp două specii distincte datorită selecției naturale ulterioare, mutațiilor și driftului genetic.
Cladogeneza este în contrast cu anageneza, în care o specie ancestrală acumulează treptat schimbări și, în cele din urmă, când se acumulează suficient, specia este suficient de distinctă și suficient de diferită de forma sa inițială de plecare pentru a putea fi etichetată ca o nouă formă – o nouă specie. Rețineți că, în cazul anagenezei, linia genetică dintr-un arbore filogenetic nu se desparte.
Pentru a determina dacă un eveniment de speciație este cladogeneză sau anageneză, cercetătorii pot folosi simulări, dovezi din fosile, dovezi moleculare din ADN-ul diferitelor specii vii sau modelare. Cu toate acestea, s-a dezbătut dacă distincția dintre cladogeneză și anageneză este absolut necesară în teoria evoluționistă.
.