La 12 iulie 1806, la semnarea Tratatului Confederației Rinului (germană: Rheinbundakte) la Paris, 16 state germane s-au unit într-o confederație (tratatul o numea états confédérés du Rhinelande, cu un precursor în Liga Rinului). „Protectorul Confederației” a fost o funcție ereditară a împăratului francez Napoleon. La 1 august, membrii confederației s-au separat în mod oficial de Sfântul Imperiu Roman, iar la 6 august, în urma unui ultimatum din partea lui Napoleon, Francisc al II-lea a declarat dizolvarea Sfântului Imperiu Roman. Francisc și dinastia sa de Habsburg au continuat ca împărați ai Austriei.
Conform tratatului, confederația urma să fie condusă de organisme constituționale comune, dar statele individuale (în special cele mai mari) doreau suveranitate nelimitată. În loc de un șef de stat monarhic, așa cum avusese Sfântul Împărat Roman, cea mai înaltă funcție a fost deținută de Karl Theodor von Dalberg, fostul Arhiereu Cancelar, care acum purta titlul de Prinț-Primat al confederației. În această calitate, el a fost președintele Colegiului Regilor și a prezidat Dieta Confederației, concepută ca fiind un organism asemănător unui parlament, deși nu s-a întrunit niciodată. Președintele Consiliului Principilor a fost Prințul de Nassau-Usingen.
În schimbul sprijinului acordat lui Napoleon, unii conducători au primit statute mai înalte: Baden, Hesse, Cleves și Berg au fost transformate în mari ducate, iar Württemberg și Bavaria au devenit regate. Mai multe state membre au fost, de asemenea, lărgite prin absorbția teritoriilor conților și cavalerilor imperiali care au fost mediatizați în acea perioadă. Aceștia au trebuit însă să plătească un preț foarte mare pentru noul lor statut. Confederația era în primul rând o alianță militară; statele membre trebuiau să mențină armate substanțiale pentru apărarea reciprocă și să aprovizioneze Franța cu un număr mare de personal militar. După cum s-au derulat evenimentele, membrii confederației s-au trezit mai subordonați lui Napoleon decât fuseseră față de Habsburgi când se aflau în cadrul Sfântului Imperiu Roman.
După ce Prusia a pierdut în fața Franței în 1806, Napoleon a ademenit majoritatea statelor secundare ale Germaniei în Confederația Rinului. În cele din urmă, alte 23 de state germane s-au alăturat Confederației. Aceasta a atins cea mai mare dimensiune în 1808, când a inclus 36 de state – patru regate, cinci mari ducate, 13 ducate, șaptesprezece principate și orașele libere Hansa din Hamburg, Lübeck și Bremen. Malul vestic al Rinului și Principatul Erfurt fuseseră anexate în întregime de către Imperiul Francez. Astfel, fie ca împărat al francezilor, fie ca protector al Confederației Rinului, Napoleon era acum stăpânul întregii Germanii, cu excepția Austriei, a Prusiei, a Holsteinului danez și a Pomeraniei suedeze, plus Elveția, anterior independentă, care nu erau incluse în Confederație.
În 1810, mari părți din ceea ce este acum nord-vestul Germaniei au fost rapid anexate Franței pentru a monitoriza mai bine embargoul comercial cu Marea Britanie, Sistemul Continental.
Confederația Rinului s-a prăbușit în 1813, în urma invaziei eșuate a lui Napoleon asupra Imperiului Rus. Mulți dintre membrii săi au schimbat taberele după Bătălia de la Leipzig, când a devenit evident că Napoleon va pierde Războiul celei de-a Șasea Coaliții.
.