În urma acestei victorii, Sparta i-a învins pe atenieni și a încercat astfel să își croiască propriul imperiu în Marea Egee. Relația ei cu Persia s-a deteriorat și a început să atace satrapii lui Pharnabazus și Tissaphernes din Anatolia. În 397 î.Hr., Pharnabazus l-a convins pe regele persan Artaxerxes să continue războiul pe mare și a ridicat o flotă de 300 de nave feniciene și cipriote. Din punct de vedere numeric, ar fi fost copleșitoare, dar aveau nevoie de un comandant experimentat, așa că l-au găsit pe Conon în Cipru, care a fost prea fericit pentru o șansă de a se răzbuna pe peloponesieni.
Primul Conon s-a deplasat până în Caria cu o mică parte a flotei, unde a fost blocat pentru o vreme, dar apoi salvat de Pharnabazus și Tissaphernes. Apoi s-a îndreptat spre Rodos, unde oligarhia pro-spartană a fost înlocuită cu o democrație, și a reușit să captureze proviziile de hrană trimise din Egipt. Ca răspuns la acest lucru, spartanii au decis să își trimită marina, dar au făcut greșeala de a o încredința lui Peisander, care nu avea experiență. Bătălia a avut loc la Cnidus în 394 î.Hr. și a fost un succes ușor și copleșitor al persanilor. Orașele din Marea Egee au expulzat garnizoanele spartane și au acceptat dominația persană.
După acest succes, Conon a considerat că este sigur pentru el să se întoarcă la Atena. Pharnabazus i-a permis să păstreze o parte din flotă și i-a furnizat bani pentru fortificarea Pireului și reconstrucția zidurilor lungi care îl uneau cu Atena. Aceste acțiuni au însemnat că unele dintre principalele rezultate ale Războiului Peloponesiac au fost anulate – Atena și-a recăpătat poziția de putere majoră în Grecia și, deși își pierduse încă imperiul, Sparta fusese împiedicată să îl preia.
În anul următor, spartanii au deschis negocieri cu perșii și, pentru a-și asigura poziția în Grecia, s-au oferit să le cedeze toate orașele din Anatolia. Atenienii au trimis delegați (printre care și Conon) pentru a anunța că acest lucru este inacceptabil, ceea ce Tiribazus a înțeles că ei încă mai sperau să-și recupereze imperiul și, indignat de această răsturnare de situație, i-a aruncat în închisoare, printre ei și pe Conon. Scriitorii antici oferă relatări contradictorii cu privire la sfârșitul său: unii susțin că a fost trimis în interiorul Asiei și condamnat la moarte; alte relatări, probabil mai probabile, consemnează că s-a retras în Cipru și a murit acolo. Fiul său Timotheus a devenit mai târziu un alt general proeminent.
.