Cele mai vechi forme de izolare cunoscute sunt cele menționate în Pentateuh (Biblia) cu peste 3400 de ani în urmă, în special în cazul leprei. Hipocrate și Galen în secolul al V-lea î.Hr. sfătuiau „Cito, Longe, Tarde”, adică „pleacă repede, pleacă departe și întoarce-te târziu”.
Din secolele al XIII-lea și al XIV-lea încoace, formele de izolare au crescut. Persoanele infectate erau separate pentru a preveni răspândirea bolii în rândul vechilor israeliți, în conformitate cu legea mozaică, așa cum este stabilită în Vechiul Testament.
Veneția a preluat conducerea în ceea ce privește măsurile sanitare pentru a controla răspândirea ciumei, după ce a numit trei gardieni ai sănătății publice în primii ani ai Morții Negre (1348). Cuvântul „carantină” provine din expresia italiană „quaranta giorni”, care înseamnă „patruzeci de zile”. Utilizarea sa în cazul navelor i-a determinat denumirea, deși nu se bazează pe un motiv științific. Pentru majoritatea bolilor, perioada de incubație este mai mică de patruzeci de zile, cu câteva excepții, cum ar fi mononucleoza infecțioasă sau Kuru.
În epoca actuală, teama de contaminare la întoarcerea de pe Lună (o contaminare interplanetară) a fost principalul motiv pentru procedurile de carantină adoptate pentru primul program de misiuni din cadrul Programului Apollo. Astronauții și eșantioanele lunare au fost plasate în carantină la Laboratorul de recepție lunară. De asemenea, pentru eșantioanele dintr-o viitoare misiune de întoarcere pe Marte, există un protocol de carantină pentru orice eșantion de pe Marte, care ar fi realizat într-un laborator de biosecuritate de nivel 4, cunoscut sub numele de Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).
Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF) este singura instalație de carantină de pe Marte.