Simularea dinamicii moleculare (MD) implementată cu un câmp de forță proteic de ultimă generație și un model de solvent implicit este o abordare atractivă pentru a investiga plierea proteinelor, una dintre cele mai perplexe probleme din biologia moleculară. Dar nu este întotdeauna clar cât de bine pot funcționa împreună câmpurile de forță dezvoltate independent de modelele implicite de solvenți în reproducerea diverselor structuri native ale proteinelor și în măsurarea termodinamicii de pliere corespunzătoare. În această lucrare, am efectuat simulări MD cu eșantionare îmbunătățită pentru a evalua capacitatea a șase câmpuri de forță AMBER (FF99SBildn, FF99SBnmr, FF12SB, FF14ipq, FF14SB și FF14SBonlysc), cuplate cu un model GB-Neck2 îmbunătățit recent în pereche, pentru a modela plierea a două peptide elicoidale și a două peptide β-sheet. În timp ce majoritatea câmpurilor de forță testate pot produce caracteristici aproximativ similare pentru ansambluri conformaționale de echilibru și profiluri detaliate de energie liberă de pliere pentru TC10b α-helicoidal scurt într-un solvent implicit, omologii măsurați sunt semnificativ discrepante în cazul peptidelor mai mari sau cu structură β (HP35, 1E0Q și GTT). În plus, mărimile termodinamice de pliere/nepliere calculate pot corespunde doar parțial datelor experimentale. Deși nu a fost identificată o combinație a câmpurilor de forță și a modelului implicit GB-Neck2 capabilă să descrie toate aspectele tranzițiilor de pliere către structurile native ale tuturor peptidelor luate în considerare, am constatat că FF14SBonlysc cuplat cu modelul GB-Neck2 pare a fi o combinație rezonabil de echilibrată pentru a prezice preferințele de pliere a peptidelor.
.