Journal of Biomedical Informatics reflectă un angajament față de lucrări originale de cercetare, recenzii și comentarii de înaltă calitate în domeniul metodologiei informaticii biomedicale. Deși publicăm articole motivate de aplicații în științele biomedicale (de exemplu, medicina clinică, îngrijirea sănătății, sănătatea populației și bioinformatica translațională), revista pune accentul pe raportări de noi metodologii și tehnici care au aplicabilitate generală și care constituie baza științei în evoluție a informaticii biomedicale. Articolele privind dispozitivele medicale; evaluările sistemelor implementate (inclusiv testele clinice ale tehnologiilor informaționale); sau lucrările care oferă informații despre un proces biologic, o boală specifică sau opțiuni de tratament ar fi, în general, mai potrivite pentru publicarea în alte publicații. Articolele privind aplicațiile de procesare a semnalelor și de analiză a imaginilor sunt adesea mai potrivite pentru reviste de inginerie biomedicală sau pentru alte reviste de informatică, deși publicăm articole care pun accentul pe probleme de gestionare a informațiilor și de reprezentare/modelare a cunoștințelor care apar în stocarea și utilizarea semnalelor și imaginilor biologice. Descrierile de sisteme sunt binevenite dacă ilustrează și justifică metodologia care stă la baza raportului și dacă se face un efort pentru a aborda generalizabilitatea și/sau domeniul de aplicare a metodologiei respective. Rețineți, de asemenea, că, având în vedere natura internațională a JBI, documentele care tratează limbi specifice, altele decât engleza, sau sisteme de sănătate sau abordări specifice unei țări, sunt acceptabile pentru JBI numai dacă oferă lecții generalizabile care sunt relevante pentru publicul larg al JBI, indiferent de țara, limba, cultura sau sistemul de sănătate al acestuia.
Ce documente sunt adecvate pentru JBI?
Articole care răspund unei nevoi în medicină, nu doar un set de date convenabile pentru a fi analizate cu metode noi, care ar putea merge mai degrabă într-o revistă de inginerie.
De obicei, este necesară implicarea profesioniștilor din domeniul sănătății în motivarea lucrării și în evaluarea rezultatelor.
Încurajăm autorii de lucrări originale de cercetare din JBI să descrie o lucrare de genul:
„Am avut o problemă biomedicală din lumea reală, am încercat tehnicile existente, dar acestea nu au funcționat. Așa că am dezvoltat o nouă metodologie, i-am evaluat caracterul adecvat și am comparat-o cu stadiul actual al tehnologiei în domeniul meu din lumea reală. Aceasta m-a făcut să mă gândesc ce alte probleme ar putea ajuta la rezolvarea acestei noi metode. M-am referit la acest lucru în Discuție și am demonstrat că am o nouă metodologie generică, care nu este specifică unui domeniu de aplicare îngust.”
„Deși am folosit metodele ML existente, am creat și validat o „metodă a metodelor” care explică modul de aplicare a metodelor existente la un spațiu de probleme biomedicale care împărtășesc caracteristici unice care influențează alegerea metodelor.”
Ce este informatica biomedicală?
„Informatica biomedicală este domeniul interdisciplinar care studiază și urmărește utilizarea eficientă a datelor, informațiilor și cunoștințelor biomedicale pentru cercetări științifice, rezolvarea problemelor și luarea deciziilor, motivată de eforturile de îmbunătățire a sănătății umane.”
C A Kulikowski et al, AMIA Board white paper: definition of biomedical informatics and specification of core competencies for graduate education in the discipline, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, nr. 6, pp. 931-938, noiembrie 2012.
Ce domenii ale informaticii biomedicale sunt în afara sferei de cuprindere a JBI?
Ce domenii ale informaticii biomedicale sunt în afara sferei de cuprindere a JBI?
Articolele despre procesarea semnalelor, imagistică, dispozitive medicale, rețele de comunicații, securitate sunt, de obicei, în afara sferei de cuprindere a JBI; chiar și articolele de bioinformatică/modelare a bolilor ar putea fi în afara sferei de cuprindere. Pentru a fi luate în considerare pentru JBI, toate aceste lucrări trebuie să introducă metode noi de informatică care se bazează pe o înțelegere profundă și pe utilizarea cunoștințelor din domeniul medical și ar trebui să poată fi transpuse în aplicații medicale. Exemple de lucrări care nu se vor încadra sunt cele care prezic structura secvențelor de ADN (care nu sunt translaționale) sau lucrările de modelare a transmiterii bolilor care nu demonstrează o înțelegere și o utilizare a epidemiologiei bolilor infecțioase sau care nu sunt aplicabile în practică.
Metodele pe care se concentrează lucrările JBI pot fi extrase din oricare dintre un număr de științe componente ale domeniului informaticii biomedicale. Deși metodele sunt adesea legate de domeniul informaticii, multe articole JBI vor pune accentul pe tehnici inovatoare din alte domenii, cum ar fi știința deciziilor, statistica, știința cognitivă, psihologia, știința informației, teoria organizațională sau știința managementului.
Dacă vă gândiți să vă trimiteți articolul de bioinformatică pentru a fi trimis la JBI, vă rugăm să fiți conștienți de acest accent metodologic. Descoperirile biologice bazate pe utilizarea tehnicilor informatice de rutină pot fi contribuții biologice importante, dar nu sunt potrivite pentru JBI. În plus, vă rugăm să rețineți că JBI publică articole de bioinformatică numai dacă acestea abordează aspecte din domeniul științei translaționale (umane). Consultați editorialul Translational Bioinformatics care tratează acest subiect înainte de a vă trimite lucrarea.
Lucrările privind confidențialitatea sau securitatea biomedicală trebuie, de asemenea, să ofere metodologii noi și practice care sunt clar motivate de provocările din domeniul sănătății și biomedicinei. O metodă stabilită dintr-un alt domeniu nu justifică republicarea în JBI doar pentru că a fost aplicată la o problemă biomedicală. De asemenea, căutăm lucrări care descriu noutăți metodologice substanțiale, mai degrabă decât mici îmbunătățiri progresive ale unor tehnici publicate anterior. A se vedea editorialul nostru privind confidențialitatea și securitatea pentru mai multe detalii despre politicile noastre privind lucrările acceptabile în acest domeniu.
Politicile sunt în general de șapte tipuri:
1. Lucrări de cercetare obișnuite: Prezentarea și discutarea unui sistem sau a unei abordări motivate din punct de vedere biomedical sau clinic care a necesitat dezvoltarea unor metode inovatoare mai degrabă decât aplicarea unor tehnici consacrate. Aplicațiile motivante pot fi discutate, dar noua metodă ar trebui să fie discutată astfel încât generalizabilitatea să fie clară, în mod ideal cu o evaluare a domeniului său de aplicabilitate. Vă rugăm să alegeți tipul de articol „Research Paper” în timpul procesului de trimitere.
2. Articole de analiză metodologică: Recenzii ale unei abordări metodologice care rezumă introducerea, utilizarea, succesele și limitările acesteia. De asemenea, astfel de recenzii vor propune adesea viitoare direcții de cercetare sau vor critica o metodă și vor discuta gama de probleme pentru care este posibil ca aceasta să nu fie o soluție adecvată. Rețineți că astfel de recenzii ar trebui să se concentreze asupra unei metode sau abordări, nu asupra unui domeniu de aplicare specific (de exemplu, evitați să trimiteți pe recenzii precum „Computers in Diabetes Management”). Vă rugăm să alegeți tipul de articol „Review article” în timpul procesului de trimitere.
3. Comentarii: Acestea sunt articole, în general mai scurte decât articolele de cercetare, care tind să discute articole publicate anterior sau o temă care reprezintă un domeniu de interes important pentru baza metodologică a cercetării în domeniul informaticii biomedicale și a aplicațiilor sale. Comentariile sunt adesea invitate, dar pot fi trimise de oricine după o discuție cu editorii. În cazul în care se ia în considerare transmiterea unui comentariu, vă rugăm să trimiteți în prealabil o scurtă propunere la [email protected]. Dacă trimiterea unui comentariu a fost solicitată sau aprobată de editor, vă rugăm să alegeți tipul de articol „Discuții” în timpul procesului de trimitere și să specificați în scrisoarea de însoțire că manuscrisul dvs. este destinat unui comentariu.
4. Comunicări speciale: Acestea sunt articole care abordează o problemă de interes larg pentru comunitatea de cercetare informatică orientată metodologic. Ele pot raporta rezultatele unor ateliere sau studii de cercetare, oferind în general lecții sau îndrumări care vor fi utile altora. Astfel de articole nu trebuie neapărat să relateze despre noi metodologii informatice inovatoare. În cazul în care se ia în considerare prezentarea unei comunicări speciale, vă rugăm să trimiteți în prealabil o scurtă propunere la [email protected]. Dacă trimiterea unei comunicări speciale a fost aprobată de editor, vă rugăm să alegeți tipul de articol „Discuție” în timpul procesului de trimitere și să specificați în scrisoarea de însoțire că manuscrisul dvs. este destinat unei comunicări speciale.
5. Scrisori către editor: Scrisorile pot fi trimise și vor fi luate în considerare pentru o eventuală publicare în revistă. De obicei, ele comentează o lucrare publicată anterior. Vă rugăm să alegeți tipul de articol „Corespondență” în timpul procesului de trimitere.
6. Recenzii de carte: Redactorii vor identifica ocazional o carte nouă care este posibil să fie de interes pentru cititorii JBI. Aceștia vor invita persoane să scrie recenzii ale acestor volume, iar astfel de trimiteri se fac numai pe bază de invitație. Recenzile de carte nesolicitate nu vor fi luate în considerare. Vă rugăm să alegeți tipul de articol „Recenzie de carte” în timpul procesului de trimitere.
7. Editoriale: Editorii sau invitații lor vor publica ocazional editoriale, dar nu se vor lua în considerare editoriale nesolicitate. Vă rugăm să alegeți tipul de articol „Editorial” în timpul procesului de trimitere.
Când un autor trimite un manuscris ca răspuns la o cerere de articole pentru un număr tematic special, categoria de trimitere trebuie să fie titlul numărului special, dar scrisoarea de însoțire trebuie să indice dacă articolul este o analiză metodologică, un articol obișnuit sau un comentariu.
Context suplimentar pentru a fi analizat înainte de trimiterea unui articol
Jurnalul de Informatică Biomedicală (JBI), publicat pentru prima dată de Academic Press în 1968 sub titlul Computers and Biomedical Research (CBR), a fost reproiectat și redenumit începând cu volumul 34 în 2001. Bazându-ne pe o istorie solidă de 33 de ani de la premiera CBR în 1968, am făcut o serie de schimbări pentru a actualiza și reorienta revista în lumina evoluției domeniului, căutând în același timp să umplem o nișă care nu a fost identificată în mod clar ca fiind un obiectiv central de către celelalte reviste care publică lucrări în domeniul cercetării în informatică biomedicală. Am enunțat acest obiectiv după cum urmează în editorialul nostru inaugural:
„Este din ce în ce mai dificil să publici articole care vor avea un apel larg la un public divers. În consecință, am decis că este important să introducem un accent mai strâns în revistă în anii următori și, având în vedere acest lucru, am redenumit revista pentru a reflecta un accent mai modern și mai îngust. Journal of Biomedical Informatics (JBI) este menit să completeze, mai degrabă decât să concureze cu celelalte reviste importante din domeniul informaticii biomedicale. În special, dorim să punem accentul pe lucrările care elucidează metodologii care se generalizează în toate domeniile biomedicale și care contribuie la formarea bazei științifice a domeniului. Lucrările vor avea tendința de a se referi mai degrabă la tehnologia informației decât la dispozitivele medicale și la metodele care stau la baza acestora, mai degrabă decât la descrierile de sisteme sau la evaluările sumative. Ar trebui să vă așteptați ca această revistă să fie o sursă excelentă de idei noi despre cum să abordați problemele dificile care apar în dezvoltarea de soluții computaționale la problemele din științele biomedicale și din practica clinică.”
Cu aproape două decenii de publicare sub titlul JBI, suntem mulțumiți de succesul revistei. Aceasta are o reputație de excelență și rigoare și sperăm că cititorii noștri și autorii publicați sunt la fel de impresionați de calitatea atât a lucrărilor, cât și a scrierilor pe care le-am atras în aceste pagini.
JBI caută să publice lucrări care aduc o contribuție conceptuală la domeniu, de obicei prin descrierea unei inovații în metodologie sau tehnică sau prin discutarea unor lecții substanțiale generalizabile care au fost învățate în contextul unui proiect informatic interesant. Atunci când o contribuție are o bază teoretică, această teorie reprezintă, de asemenea, un accent adecvat pentru expunere. Din experiența noastră, multe proiecte de cercetare care încep ca eforturi aplicative au ca rezultat o inovație metodologică care, descrisă în mod corespunzător, contribuie la baza științifică a disciplinei noastre. Prin urmare, nu descurajăm contribuțiile care discută aplicații interesante, ci, mai degrabă, încurajăm o perspectivă asupra celei mai bune modalități de a scrie despre și de a împărtăși cunoștințele metodologice generalizabile care derivă din munca aplicată și de care pot beneficia și alții. Credem că astfel de lucrări formează nucleul informaticii biomedicale ca știință.
Au existat cinci motive principale pentru returnarea lucrărilor fără revizuire. Poate cel mai frecvent apare atunci când o lucrare este în primul rând o descriere a unei aplicații informatice sau o evaluare a acesteia. Un nou sistem clinic care abordează o problemă clinică importantă, dar care nu oferă o metodologie nouă, ar fi mai potrivit pentru o altă revistă, fie în domeniul informaticii aplicate, fie în domeniul clinic de aplicare. În mod similar, studiile prin sondaj/întrebare sau analizele nevoilor utilizatorilor sunt susceptibile de a fi potrivite pentru JBI numai dacă contribuie cu noi metode de realizare a unor astfel de studii sau analize, sau cu noi perspective privind comportamentul utilizatorilor, știința cognitivă sau interacțiunea om-calculator.
Un al doilea motiv pentru returnarea lucrărilor fără revizuire apare atunci când o lucrare nu se referă la noțiunile de bază ale informaticii de gestionare a informațiilor și cunoștințelor. Cel mai frecvent, acest lucru se întâmplă atunci când o lucrare prezintă un nou dispozitiv medical sau o abordare a procesării semnalelor biomedicale sau a imaginilor, în special atunci când accentul este pus pe metode numerice sau pe monitorizarea fiziologică, mai degrabă decât pe procesarea și gestionarea informației sau pe abordări bazate pe cunoaștere. În general, trimitem astfel de lucrări la reviste de inginerie biomedicală sau la reviste clinice din domeniul de aplicare (de ex, o revistă de cardiologie pentru noi abordări ale analizei electrocardiogramei sau o revistă de imagistică pentru o nouă abordare matematică a segmentării sau a altor aspecte ale analizei imaginilor).
În al treilea rând, deoarece domeniul informaticii biomedicale este motivat, în toate aplicațiile, să aibă un impact pozitiv asupra sănătății umane sau asupra tratamentului bolilor umane, lucrările de bioinformatică trimise la JBI ar trebui să se încadreze în domeniul bioinformaticii translaționale (TBI). În mod obișnuit, respingem lucrările fără a le revizui dacă se ocupă de soluții bioinformatice de bază care sunt aplicabile la scară largă (de exemplu, metode analitice pentru microarrays), dar care nu sunt motivate în mod specific de sănătatea umană sau de boli. În consecință, nu publicăm lucrări care se ocupă de bioinformatică vegetală sau animală sau de metode genomice utilizate în mod specific în agricultură sau zoologie.
În al patrulea rând, folosim un software de sprijin pentru a evalua fiecare trimitere la JBI, căutând să vedem dacă există dovezi de reutilizare semnificativă a textului din alte articole publicate. În unele cazuri, publicațiile anterioare nici măcar nu sunt citate în noua lucrare. Indiferent dacă autorii unui manuscris sunt, de asemenea, autorii unei lucrări din care a fost reutilizat textul, în general, refuzăm să analizăm lucrări care au o suprapunere semnificativă cu alte publicații. Astfel de practici nu numai că duc la preocupări legate de plagiat (sau autoplagiat), dar ridică, de asemenea, semne de întrebare cu privire la noutatea lucrărilor prezentate în noul manuscris. Ne așteptăm ca toate lucrările să fie scrise de novo și solicităm ca manuscrisele (și scrisoarea de intenție) să clarifice modul în care noua lucrare se bazează pe, îmbunătățește sau depășește capacitățile lucrărilor publicate anterior.
În cele din urmă, deși JBI este o revistă internațională și înțelegem provocările cu care se confruntă autorii atunci când limba engleză nu este limba lor maternă, unele lucrări au probleme atât de grave în ceea ce privește expunerea în limba engleză încât le respingem sau le returnăm pentru revizuire, sugerând implicarea unui editor sau a unui coautor expert în limba engleză înainte ca lucrarea să poată fi considerată adecvată pentru a intra în procesul de revizuire științifică. Problemele minore de limbă pot fi corectate în cadrul procesului editorial, dar problemele mai grave împiedică o evaluare adecvată a contribuției științifice.
Dintre lucrările care au fost supuse revizuirii, rata noastră de acceptare finală este acum de aproximativ 25%. Fiecare lucrare publicată a fost acceptată numai după revizuiri semnificative, astfel încât autorii nu ar trebui să fie surprinși atunci când sunt necesare revizuiri înainte ca o lucrare să fie gata pentru publicare. Cu toate acestea, credem că rigoarea pe care am introdus-o în procesul de examinare și revizuire a dus la un produs mai bun și mai util din punct de vedere științific. De exemplu, feedback-ul anecdotic, precum și datele privind citările și descărcările, sugerează că recenziile metodologice incluse în aproape fiecare număr au fost utilizate pe scară largă în scopuri educaționale și de studiu.
Am primit un număr tot mai mare de lucrări trimise în fiecare an de la trecerea de la CBR la JBI. În primul an am primit aproximativ 100 de manuscrise, dar acum primim mult peste 800 de lucrări pe an. Ca urmare, revista a crescut în dimensiune, cu mai multe lucrări pe număr. De asemenea, dedicăm două sau trei numere pe an unor subiecte metodologice speciale, supravegheate de editori invitați care ne propun astfel de numere speciale. Lucrările acceptate sunt puse imediat la dispoziție online și sunt indexate în Medline. Ele apar la scurt timp după aceea într-un număr „virtual” compilat pe ScienceDirect. Din 2016 am încetat să mai producem o versiune tipărită a JBI, după ce am aflat că marea preponderență a accesului la revistă se face prin intermediul internetului și al ScienceDirect. Exemplarele tipărite ale numerelor complete sunt disponibile de la Elsevier prin intermediul serviciilor Print on Demand. Lucrările pot fi publicate în regim de acces deschis în schimbul unei taxe plătite de autori, dar, în rest, acestea sunt disponibile doar pentru abonați în primele 12 luni de la publicare. Ulterior, acestea sunt deschise accesului liber în arhiva noastră deschisă ScienceDirect. Deoarece revista este produsă exclusiv online, nu există nicio limită sau taxă în ceea ce privește utilizarea culorilor în figuri sau fotografii în manuscrisele trimise.
Vă încurajăm să trimiteți cele mai bune lucrări metodologice la JBI. Țineți cont de faptul că oferim oportunități pentru o discuție în profunzime a unei abordări inovatoare, așa cum o apreciază recenzenții noștri, precum și editorii, și am evitat orice limită arbitrară privind numărul de cuvinte sau alte măsurători privind lungimea articolelor individuale. Încurajăm, de asemenea, articolele care descriu lucrări de disertație de doctorat și subliniem faptul că revizuirile extinse ale subiectelor întreprinse într-un document de teză pot fi adesea adaptate pentru a dezvolta un articol de revizuire metodologică care este potrivit pentru JBI. De asemenea, revista nu are taxe de pagină și poate include componente multimedia pentru articolele din mediul online.
Informatica biomedicală este un domeniu în plină expansiune, cu aplicații și implicații importante în întreaga lume biomedicală și clinică. Suntem nerăbdători ca comunitatea de cercetare să identifice în mod constant JBI ca fiind revista care definește cel mai bine baza științifică pentru acest domeniu. În consecință, vă invităm atât contribuțiile dumneavoastră, cât și pe cititorii dumneavoastră.
Mor Peleg
Editor-șef
Ascunde tot Scopurile & Domeniul de aplicare