Reamenajarea de doi ani a Babylonului a început în 1999. Aceasta a costat zece milioane de mărci și a fost finanțată în principal de guvernul german. Fondurile de dezvoltare ale Loteriei, în valoare de două milioane de euro, au fost acordate pentru scaune și echipamente tehnice. Acoperișul și tavanul marelui auditoriu au fost renovate. Grinzile din lemn din tavan, care nu mai erau capabile să susțină greutatea, au fost înlocuite cu grinzi de oțel, iar peste ele a fost ridicat un nou acoperiș. Fațada clădirii a fost, de asemenea, restaurată.
Obiectivul restaurării nu a fost acela de a readuce clădirea la felul în care arăta la un anumit moment dat, ci de a păstra diverse elemente din întreaga istorie a clădirii. Foaierul a fost readus la modul în care era atunci când clădirea a fost inaugurată în 1928, iar auditoriul a fost renovat în stilul din 1948, cu scaune de pluș și detalii din stuc și aurite. Clădirea a fost folosită inițial atât ca cinematograf, cât și ca teatru și, prin urmare, avea o zonă de scenă în spatele ecranului. Aici a fost construită o nouă sală de spectacole mai mică, ca parte a restaurării. Fosa de orchestră a sălii mari a fost restaurată, astfel încât o orchestră de cameră să poată cânta muzică live în timpul proiecțiilor de filme mute. În 1999, a fost restaurată orga de cinema J. D. Philipps, veche de 70 de ani. Este singura orgă de cinema din Germania care încă se mai cântă în locația sa originală.
În mai 2001 a avut loc redeschiderea sălii de spectacole cu filmul Othello de Orson Welles. În 2002, asociația „Berlin film art Babylon” a primit „Emisfera de argint” din partea Fundației germane pentru protecția monumentelor. Arhitecții Joachim Roemer și Klaus Meyer-Rogge au fost onorați pentru salvarea unei „clădiri cheie a arhitecturii cinematografice”.
Babilonul este un loc de desfășurare a Festivalului Internațional de Film de la Berlin (Berlinale). Orga cinematografică restaurată a fost relansată la 26 mai 2001 la o proiecție a filmului The Golem: How He Came into the World. Aceasta a fost urmată de o serie de concerte de filme mute susținute de pianistul Stephan von Bothmer.
În 2009, unii angajați, membri ai Sindicatului Liber al Muncitorilor (FAU) anarho-sindicalist, au cerut salarii mai mari și condiții de muncă mai bune. La sfârșitul lunii iulie 2009, secțiunea berlineză a FAU a făcut apel la boicotarea cinematografului. Sindicatul Ver.di a semnat un contract colectiv cu angajații începând cu 1 ianuarie 2010. În 2009, operatorul cinematografului a inițiat o dispută juridică cu FAU în ceea ce privește dreptul acestuia de a se desemna ca sindicat. În octombrie 2009, tribunalul pentru ocuparea forței de muncă din Berlin-Brandenburg a decis că FAU avea dreptul să negocieze acorduri salariale. O interdicție temporară, impusă de Înalta Curte din Berlin în decembrie 2009, a interzis FAU Berlin să se numească sindicat până la noi ordine. Aceasta a fost anulată de Curtea Supremă în iunie 2010.
.