În special în timpul războiului și în alte vremuri de conflict, grupuri relativ mici de oameni au trăit temporar în peșteri, unde s-au ascuns sau s-au refugiat în alt mod. De asemenea, au folosit peșterile în scopuri clandestine și în alte scopuri speciale, în timp ce locuiau în altă parte.
Pe cât timp au trăit în altă parte, probabil fugind de violența vechilor romani, oamenii au lăsat manuscrisele de la Marea Moartă în unsprezece peșteri de lângă Qumran, în ceea ce este acum o zonă din Cisiordania administrată de Parcul Național Qumran din Israel. Documentele au rămas netulburate acolo timp de aproximativ 2.000 de ani, până la descoperirea lor în anii 1940 și 1950.
Cavernele DeSoto, în ceea ce a devenit Alabama în Statele Unite, au fost un loc de înmormântare pentru triburile locale; aceleași peșteri au devenit un bar clandestin violent în anii 1920. Este posibil ca peșterile din St. Louis să fi fost o ascunzătoare de-a lungul Căii Ferate Subterane.
Între aproximativ 1000 și 1300, unii oameni Pueblo au trăit în sate pe care le-au construit sub stânci în ceea ce este acum sud-vestul Statelor Unite.
În cartea sa Home Life in Colonial Days, Alice Morse Earle a scris despre unii dintre primii coloniști europeni din New England, New York și Pennsylvania care au trăit în locuințe din peșteri, cunoscute și sub numele de „case afumate”:
În Pennsylvania, peșterile au fost folosite de noii veniți ca locuințe pentru o lungă perioadă de timp, cu siguranță o jumătate de secol. În general, ele au fost formate prin săparea în pământ la o adâncime de aproximativ patru picioare pe malurile sau pe stâncile joase din apropierea frontului râului. Pereții erau apoi construiți din pământ sau pământ așezat pe stâlpi sau mărăcini; astfel, doar jumătate din cameră era cu adevărat sub pământ. Dacă era săpată într-un deal lateral, pământul forma cel puțin doi pereți. Acoperișurile erau constituite din straturi de crengi de copac acoperite cu gazon, sau scoarță, sau stuf și scoarță. Șemineele erau așezate din pietriș sau bețe de lemn mortarizate cu lut și iarbă. Coloniștii erau recunoscători chiar și pentru aceste adăposturi sărăcăcioase și au declarat că le găseau confortabile. În 1685, multe familii încă mai locuiau în peșteri în Pennsylvania, pentru că atunci Consiliul Guvernatorului a ordonat ca peșterile să fie distruse și umplute.
În anii 1970, mai mulți membri ai tribului Tasaday se pare că locuiau în peșteri lângă Cotabato, în Filipine.
În peșterile de la Sacromonte, lângă Granada, Spania, locuiesc aproximativ 3.000 de oameni Gitano, ale căror locuințe variază de la camere individuale la peșteri de aproape 200 de camere, împreună cu biserici, școli și magazine în peșteri.
Câteva familii au construit case moderne (sau le-au renovat pe cele mai vechi) în peșteri, ca în Missouri; Matera, Italia; și Spania.
Cel puțin 30.000.000 de oameni din China trăiesc în case în peșteri, numite yaodongs; deoarece sunt calde iarna și răcoroase vara, unii oameni consideră peșterile mai dezirabile decât casele de beton din oraș.
În orașele miniere australiene Coober Pedy și Lightning Ridge, multe familii și-au săpat case în minele subterane de opal, pentru a scăpa de căldura arzătoare a deșertului.
În Valea Loarei, peșterile abandonate sunt renovate în mod privat ca locuințe accesibile.
În Marea Britanie, casele din stâncă de la Kinver Edge au fost locuite până la mijlocul secolului al XX-lea.
.