npm

Bibliotecă de teorie a grafurilor (rețele) pentru vizualizare și analiză : https://js.cytoscape.org

Descriere

Cytoscape.js este o bibliotecă de teorie a grafurilor complet funcțională. Aveți nevoie să modelați și/sau să vizualizați date relaționale, cum ar fi datele biologice sau rețelele sociale? Dacă da, Cytoscape.js este exact ceea ce vă trebuie.

Cytoscape.js conține un model de teorie a grafurilor și un renderizator opțional pentru a afișa grafice interactive. Această bibliotecă a fost concepută pentru a face cât mai ușor posibil ca programatorii și oamenii de știință să folosească teoria grafurilor în aplicațiile lor, fie că este vorba de o analiză pe server într-o aplicație Node.js sau pentru o interfață bogată cu utilizatorul.

Puteți începe cu Cytoscape.js cu o singură linie:

var cy = cytoscape({ elements: myElements, container: myDiv });

Aflați mai multe despre caracteristicile Cytoscape.js citind documentația sa.

Documentație

Puteți găsi documentația și descărcările pe site-ul proiectului.

Roadmap

Versiunile viitoare ale Cytoscape.js sunt planificate în reperele din trackerul de probleme Github. Puteți folosi reperele pentru a vedea ce este planificat în prezent pentru versiunile viitoare.

Contribuirea la Cytoscape.js

Vreți să deveniți un colaborator Cytoscape.js? Puteți contribui în roluri tehnice (de exemplu, caracteristici, testare) sau non-tehnice (de exemplu, documentație, outreach), în funcție de interesele dumneavoastră. Intrați în contact cu noi prin postarea unei discuții pe GitHub.

Pentru mecanica contribuției la un pull request, consultați CONTRIBUTING.md.

Lansările de caracteristici sunt făcute lunar, în timp ce versiunile de patch-uri sunt făcute săptămânal. Acest lucru permite eliberarea rapidă a primelor contribuții și a contribuțiilor de la terți.

Citarea

Pentru a cita Cytoscape.js într-o lucrare, vă rugăm să citați numărul Oxford Bioinformatics:

Cytoscape.js: a graph theory library for visualisation and analysis

Franz M, Lopes CT, Huck G, Dong Y, Sumer O, Bader GD

Bioinformatics (2016) 32 (2): 309-311 publicat pentru prima dată online la 28 septembrie 2015 doi:10.1093/bioinformatics/btv557 (PDF)

PubMed Abstract

Build dependencies

Instalează node și npm. Rulați npm install înainte de a utiliza npm run.

Instrucțiuni de compilare

Rulați npm run <target> în consolă. Principalele obiective sunt:

Construcția:

• build: face toate construcțiile bibliotecii (umd, min, umd, esm)
• build:min : do the unminified build with bundled dependencies (pentru pagini html simple, bun pentru începători)
• build:umd : do the umd (cjs/amd/globals) build
• build:esm : do the esm (ES 2015 modules) build
• clean : clean the build directory
• docs : build the docs into documentation
• release : build all release artifacts
• watch : să construiască automat lib pentru depanare (cu sourcemap, fără babel, foarte rapid)
  • bun pentru testare generală pe debug/index.html
  • servit pe http://localhost:8080 sau pe primul port disponibil după aceea, cu livereload pe debug/index.html
• watch:babel : construiește automat lib pentru depanare (cu sourcemap, cu babel, un pic mai lent)
  • bine pentru testarea performanțelor sau pentru testarea browserelor neactualizate
  • servit pe http://localhost:8080 sau pe primul port disponibil ulterior, cu livereload pe debug/index.html

Testări:

Scripturile de testare implicite rulează direct agasat de codul sursă. Testele pot fi rulate alternativ pe un pachet construit. Biblioteca poate fi construită pe node>=6, dar pachetul bibliotecii poate fi testat pe node>=0.10.

• test : rulează toate testele & linting
• test:js : rulează testele mocha pe API-ul public al librăriei (direct pe fișierele sursă)
  • npm run test:js -- -g "my test name" rulează testele doar pe cazurile de testare corespunzătoare
• test:build : rulează testele mocha pe API-ul public al lib (pe un pachet construit)
  • npm run build trebuie rulate în prealabil pe o versiune recentă de node
  • npm run test:build -- -g "my test name" rulează testele de construcție numai pe cazurile de test corespunzătoare
• test:modules : execută teste unitare pe API-ul privat, intern
  • npm run test:modules -- -g "my test name" execută testele modulelor numai pe cazurile de test potrivite
• lint : lint sursele js prin eslint
• benchmark : executați toate testele de referință
• benchmark:single : executați testele de referință numai pentru suita specificată în benchmark/single

Instrucțiuni de lansare

1. Efectuați fiecare lansare de patch-uri backport înainte de lansarea curentă corespunzătoare. Acest lucru asigură că npm listează versiunea curentă ca fiind cea mai recentă.
2. Asigurați-vă că documentația este actualizată cu lista de versiuni din documentation/md/intro.md
3. Actualizați variabila de mediu VERSION, de exemplu export VERSION=1.2.3
4. Confirmați că toate testele trec: npm run test (vezi, de asemenea, test/index.html pentru testarea browserului)
5. Confirmați că toate testele trec în IE9:
   1. npm run watch:umd
   2. Deschideți o VM IE9
   4. Deschideți http://yourip:8081/test/ie.html în IE
6. Pregătiți o versiune: npm run release
7. Revizuiți fișierele care tocmai au fost construite în pasul anterior. Încercați documentele și demo-urile nou-construite.
8. Adaugați versiunea la git: git add . && git commit -m "Build $VERSION"
9. Update the package version: npm version $VERSION
10. Push the release changes: git push && git push --tags
11. Publicați versiunea în npm: npm publish .
12. Crearea unei versiuni pentru Zenodo din cea mai recentă etichetă
13. Pentru versiuni de caracteristici: Creați un anunț de lansare pe blog. Împărtășiți anunțul pe listele de discuții și pe rețelele sociale.

Teste

Testele Mocha se găsesc în directorul de teste. Testele pot fi rulate în browser sau pot fi rulate prin Node.js (npm run test:js).

.