Raporturile recente au indicat că numărul populației de crocodili cubanezi dă semne de recuperare; populația din mlaștina Zapata este estimată între 3.000 și 6.000 de indivizi.
Există două amenințări principale: vânătoarea și hibridizarea, în special cu crocodilul american, care limitează fondul genetic pur al acestei specii. Vânătoarea a crescut substanțial din anii 1990 până în prezent și servește în principal industriei turistice sau pentru consumul local. Hibridizarea a fost suspectată de mult timp, dar slab înțeleasă. Studii genetice recente oferă dovezi că are loc o hibridare extinsă în mediul sălbatic. O populație captivă este prezentă în două zone (în mlaștina Zapata și în mlaștina Lanier), dar se suspectează cu tărie existența unor animale hibride și în aceste populații. Niciuna dintre aceste amenințări nu a fost rezolvată.
Această specie este inclusă în apendicele I al CITES. Există, de asemenea, măsuri directe de conservare, inclusiv programe de reproducere în captivitate, reintroduceri și zone protejate. Vânătoarea ilegală continuă să aibă loc; prin urmare, este necesară o gestionare suplimentară a recoltei pentru a reduce rata de declin a populației care are loc în prezent.
Măsuri active sunt în curs de desfășurare pentru a se asigura că ambele populații existente rămân bine protejate, dar o altă prioritate importantă de conservare este stabilirea unei populații sălbatice alternative.
.