Înființarea sistemului
Strămoșii lui Tokugawa Ieyasu, fondatorul bakufu Edo, erau Matsudaira, o familie de daimyo Sengoku din regiunea muntoasă a provinciei Mikawa (în actuala prefectură Aichi) care își construise baza ca daimyo prin avansarea în câmpiile din Mikawa. Dar când au fost atacați și înfrânți de puternica familie Oda din vest, tatăl lui Ieyasu, Hirotada, a fost ucis. Anterior, Ieyasu fusese trimis ca ostatic la familia Imagawa pentru a cimenta o alianță, dar a fost capturat pe drum de familia Oda. După moartea tatălui său, Ieyasu a fost trimis la familia Imagawa și a petrecut acolo 12 ani în detenție. Când, în 1560, Oda Nobunaga a distrus familia Imagawa în Bătălia de la Okehazama, lansându-l pe acesta pe calea unificării, Ieyasu a fost în sfârșit eliberat. Ieyasu s-a întors la Okazaki în Mikawa și a adus această provincie sub controlul său. În calitate de aliat al lui Oda, a păzit spatele pentru înaintarea spre Kyōto, iar ulterior a dus propriile campanii militare, avansând constant spre est. În 1582 era un daimyo puternic, posedând, pe lângă provincia sa natală Mikawa, cele patru provincii Suruga și Tōtōmi (prefectura modernă Shizuoka), Kai (prefectura Yamanashi) și sudul Shinano (prefectura Nagano).
Când Hideyoshi a preluat puterea, Ieyasu i s-a opus la început. Dar apoi s-a supus și, ajungând să fie cel mai puternic daimyo dintre vasalii lui Hideyoshi, a devenit șeful celor cinci tairō (miniștri superiori), cei mai înalți funcționari ai regimului Hideyoshi. După moartea lui Hideyoshi, daimyo s-au împărțit între cei care îl susțineau pe Hideyori și cei care se aflau de partea lui Ieyasu. Lucrurile au ajuns la un punct culminant în Bătălia de la Sekigahara din 1600, unde Ieyasu a obținut o victorie decisivă și și-a stabilit supremația națională. Ieyasu văzuse eșecul atât al lui Nobunaga, cât și al lui Hideyoshi de a consolida un regim durabil, iar în 1603 a înființat Edo bakufu (cunoscut mai degrabă sub numele de shogunatul Tokugawa ) pentru a legaliza această poziție. Asumându-și titlul de shogun, a exercitat un control ferm asupra daimyo rămași în această perioadă. Sub pretextul alocării de recompense după Sekigahara, a deposedat, redus sau transferat un număr mare de daimyo care i s-au opus. Terenurile confiscate de aceștia fie le-a dat rudelor și servitorilor familiei Tokugawa pentru a-i stabili ca daimyo și pentru a le mări proprietățile, fie le-a rezervat ca domenii ale casei Tokugawa. Mai mult, fiul și moștenitorul lui Hideyoshi, Hideyori, a fost redus la poziția de daimyo al districtului Kinki (zona Ōsaka). La doi ani după înființarea bakufu, Ieyasu a renunțat la postul de shogun în favoarea fiului său Hidetada, retrăgându-se la Sumpu (orașul modern Shizuoka) pentru a se dedica consolidării bazelor bakufu. În 1615, Ieyasu a luat cu asalt și a capturat Castelul Ōsaka, distrugându-l pe Hideyori și familia Toyotomi. Imediat după aceea, au fost promulgate Legile pentru casele militare (Buke Shohatto) și Legile pentru funcționarii imperiali și cei de la curte (Kinchū Narabi ni Kuge Shohatto) ca bază legală pentru controlul bakufu asupra daimyo și a curții imperiale. În 1616, Ieyasu a murit, succesiunea fiind deja stabilită.
Orion Press, Tokyo
În timpul celui de-al doilea și al treilea shogun, Hidetada și succesorul său, Iemitsu, politica de control bakufu a avansat și mai mult până când sistemul bakuhan – sistemul de guvernare al shogunatului Tokugawa; literalmente o combinație între bakufu și han (domeniul unui daimyo) – a ajuns la final. Prin reorganizările din 1633-42, executivul guvernului bakufu era aproape finalizat, fiind reprezentat de funcțiile de consilieri superiori (rōjū), consilieri inferiori (wakadoshiyori) și trei comisari (bugyō) pentru templele și sanctuarele din țară, capitala shogunului și trezoreria bakufu. Confiscările și reducerile de domenii au continuat și au avut loc, de asemenea, transferuri pe scară largă de daimyo, distribuind districtele strategice Kantō, Kinki și Tōkaidō între daimyo care erau rude și servitori ai bakufu, ținându-i astfel în frâu pe seniorii „externi” (tozama). Odată cu rearanjarea daimyo, au fost mărite și terenurile aflate sub controlul direct al bakufu în puncte-cheie din întreaga țară. Cele mai importante orașe – Kyōto, Ōsaka și Nagasaki – și minele (în special, insula Sado) au fost, de asemenea, plasate sub administrația directă a bakufu și folosite pentru a controla comerțul, industria și schimburile comerciale.
Bakufu a revizuit, de asemenea, Legile pentru Casele Militare și a stabilit un sistem numit sankin kōtai (prezență alternativă), prin care daimyo erau obligați să facă vizite ceremoniale la Edo o dată la doi ani, în timp ce soțiile și copiii lor locuiau permanent în Edo ca ostatici. De asemenea, sistemul îi forța pe daimyo – în special pe tozama, potențial periculoși, care locuiau cel mai departe – să cheltuiască sume mari de bani pentru a susține două structuri administrative separate și călătoriile spre și dinspre Edo. În plus, daimyo au fost forțați să ajute la lucrări publice precum construcția de castele în domeniile bakufu, fiind astfel menținuți în dificultăți financiare. Domeniile bakufu Tokugawa însumau acum mai mult de șapte milioane de koku – aproximativ un sfert din întreaga țară. Din aceste terenuri, mai mult de patru milioane de koku se aflau sub controlul său direct, iar trei milioane de koku erau distribuite între hatamoto și gokenin, vasalii vasali ai bakufu. În plus, deoarece bakufu declara un monopol asupra comerțului exterior și avea singur dreptul de a emite monedă, dispunea de resurse financiare considerabil mai mari decât daimyo. De asemenea, în ceea ce privește forța militară, era, de asemenea, mult mai puternic decât orice daimyo individual.
În pas cu organizarea structurală a bakufu ca putere supremă, administrația domenială (hansei) a daimyo s-a conturat, de asemenea, în mod progresiv. Relația dintre shogun și daimyo era cea de stăpân și vasal, bazată pe sistemul feudal chigyō. În teorie, pământul aparținea shogunului, care îl împărțea între lorzi ca o favoare specială, sau go-on. Pentru a fi clasificat ca daimyo, un războinic trebuia să controleze terenuri care să producă cel puțin 10.000 de koku. În schimb, daimyo își asuma obligația de a furniza servicii militare și de altă natură shogunului. Exact aceeași legătură exista între stăpânii domeniilor și servitorii lor; iar pentru ca daimyo să își concentreze și să își consolideze dominația, era necesar ca aceștia să strângă această legătură. Pentru a restrânge dreptul tradițional al vasalilor lor la chigyō, sau subdomenii, daimyo i-a recompensat în schimb cu stipendii de orez (kuramai), sporind astfel dependența lor de daimyo. În același timp, această politică a mărit terenurile aflate sub controlul direct al daimyo, consolidând baza economică a domeniului. Astfel, daimyo a folosit față de proprii vasali aceleași metode pe care le folosea bakufu pentru a-i controla. În acest fel, a fost stabilit un regim ierarhic, „feudal”, prin intermediul sistemului kokudaka, care se extindea de la shogun, prin daimyo, până la servitorii acestora.
Controlul asupra populației agricole a fost acum întărit și mai mult. Cadastru Taikō recunoscuse drepturile țăranilor în calitate de cultivatori efectivi ai pământului și îi făcuse responsabili pentru impozite. Asemănătoare ca intenție, măsurătorile funciare ale bakufu și daimyo erau mult mai detaliate și mai precise, preocupate, așa cum erau, de a extrage cel mai mare randament fiscal posibil. Satele Tokugawa se deosebeau astfel de cele din epocile precedente, care fuseseră controlate de moșierii locali, sau myōshu. Satele Tokugawa erau compuse dintr-un nucleu principal de mici fermieri, numiți în general hyakushō. Deoarece satele erau acum unități administrative ale noului regim, a fost instituit un sistem pe trei niveluri de ofițeri sătești – nanushi (sau shōya), kumigashira și hyakushōdai – pentru a-și îndeplini funcțiile. Locuitorilor orașelor și satelor din întreaga țară li s-a cerut să formeze gonin-gumi („grupuri de cinci gospodării”), sau asociații de cartier, pentru a încuraja responsabilitatea comună pentru plata impozitelor, pentru a preveni infracțiunile împotriva legilor stăpânilor lor, pentru a-și acorda asistență reciprocă și pentru a se supraveghea reciproc în general. Controalele economice asupra țăranilor au fost consolidate în continuare. Li s-a interzis cu desăvârșire să cumpere, să vândă sau să își abandoneze pământul sau să își schimbe ocupația; de asemenea, au fost impuse restricții infime în ceea ce privește îmbrăcămintea, hrana și locuința. Keian no Ofuregaki („Proclamațiile erei Keian”), promulgată de bakufu în 1649, a fost un compendiu al politicilor bakufu menite să controleze administrația rurală.